原来元朝被朱元璋打败后，元顺帝就率众退回了漠北，勉力维持统治，并伺机反攻。
不过蒙古的游牧经济根本支撑不起先前建立的大一统帝国，再加上朱元璋、朱棣不断的分化，攻击蒙古各部，蒙古贵族逐渐脱离黄金家族的控制，蒙古草原再次回到诸部割据的状态。
蒙古各部在相互的攻伐中，位于草原西部的瓦剌（杜尔伯特、土尔扈特等部组成的联盟）和位于草原东部的鞑靼（察哈尔、土默特、科尔沁等部组成的联盟）成为草原上最强的两大部落。
因鞑靼部是成吉思汗黄金家族的嫡系后裔，在草原上颇得人望，所以他们一直征伐瓦剌，希望统一蒙古各部，恢复往日的荣耀。
由于鞑靼一直打着元朝的旗号，大明担心他们卷土重来，便在攻打鞑靼的同时拉拢瓦剌，以便削弱蒙古的实力。
而瓦剌为了自保，刻意将自己与黄金家族区分，并偷偷向明朝示好，暗中积蓄力量。
明成祖朱棣本是英武之人，自也明白瓦剌的用意。
所以他在重创鞑靼后，并未消灭鞑靼，而是封鞑靼部的太保阿鲁台为大明特进光禄大夫、太师、和宁王，以此牵制瓦剌。
随后又对瓦剌用兵，尽量让鞑靼和瓦剌的势力保持均衡，相互牵制，以免危害大明。
不过在朱棣驾崩后，仁、宣二宗对讨伐蒙古各部不甚积极，加之瓦剌人才辈出，最后瓦剌的首领脱欢掌控了蒙古大汗，对蒙古各部发号施令。
在脱欢去世后，其子也先的才能与野心更胜乃父。
他在掌握北元朝政后，又将蒙古漠南、漠北、漠西以及原为明朝册封建立的东北兀良哈三卫、女真诸卫统一了起来，随后又对大明用兵，企图恢复昔日河山。
而大明此时正是明英宗当家，他在太监王振的诱骗下御驾亲征，最后在内外合击下成为了瓦拉的俘虏。
也先后来虽也败在于谦之手，未能入主中原，恢复蒙古往日的荣光，但俘虏明英宗的战功让他风头无两，为人也越发骄横。
他此时虽已是北元太师，但他觉得这种身份地位与他的实力并不相匹配，企图更进一步。
他在和平谋求汗位无果后，竟与当时的岱总汗兵戎相见，岱总汗战败逃窜，后被他的前岳父杀死。
也先在岱总汗死后不久，就利用他的权势威逼蒙古各部，成为了蒙古大汗、自称「大元天圣大可汗」，定年号为「添元」。
也先登上汗位后越发蛮横，此时不仅黄金家族对他不满，就连瓦拉内部也有不少人也因也先太过跋扈，只维护他家族的利益而心生怨恨。
后来黄金家族趁瓦剌内乱击败也先，也先经此大败依然骄横如故，最终被永谢布部首领斩杀，瓦剌也因此被驱逐到天山一带，而黄金家族再度崛起。
只是黄金家族的崛起也是昙花一现，在内部的争夺中再次陷入分裂。
蒙古各部落经过近百年的征战，到明朝末年形成了以大漠为中心的漠南、漠北和漠西三部分。
漠南蒙古主要有科尔沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部，在努尔哈赤崛起后，利用蒙古内部的争斗，通过联姻等方式与科尔沁等部结盟。
漠南各部在跟随努尔哈赤征战过程中，逐渐臣服于女真。
只有漠南蒙古名义上的宗主察哈尔等几部心怀不满，并攻打科尔沁挑战女真的权威，企图夺回霸主地位，却在崇祯八年被皇太极击败。