九州科技合作运营部的职责是主导或参与合作企业的产品开发和市场投标，同时在九州科技研发技术和合作企业之间架起了沟通的桥梁，推动合作企业与公司技术融合以及在成本、产品供应能力和功能方面的竞争优势。
而九州科技的工程采购部会与合作运营部一起积极地参与客户标书的制作。
参与市场投标将使采购部了解到客户配套产品的需求，在订单履行过程的早期充分了解九州科技向合作企业做出的承诺以确保解决方案满足客户需求并能够及时交付。
生产采购和行政采购负责日常采购运作以及与合作企业的沟通、及时处理采购请求和解决双方的问题。
从行业内部看，九州科技的采购部门与运营部门是直接将合作企业当做核心客户，但行驶的职权并非是简单的“采购”，而是对合作企业的管理以及九州工业体系下的物料管理。
毕竟一般企业的采购部门能做的事情只有执行采购和价格谈判。
除了采购与运营之外，九州科技还对合作企业制定了完善的价值判断流程以确保公司选择最符合自家公司利益的合作企业，同时保证九州科技向所有同等级合作伙伴给予平等的机会。
技术下放的选择团队一般由相关专家团队和该技术研发部门组建，这个团队管理着合作伙伴企业接受技术的选择流程。
合作企业反馈办公室则是总裁办下属部门，如果合作企业在与九州科技的交往中有任何不满意的地方，有专门的帮助中心负责收集反馈和投诉。
每个技术合作项目在九州科技内部都有对应的接口人，负责与合作企业的接口和沟通，合作企业也可以将重要事件和严重违规投诉信息发至九州科技官方邮箱()，此邮箱是专门为此设立，确保所反馈信息的保密和快速响应。