但是，由于莉莉斯开始自我修复，生长过快而无法控制。于是碇司令与冬月副司令乘坐联合国的远洋舰队开往南极，利用美军“尼米兹”航空母舰运载寻找到的“朗基努斯枪”回到本部，让绫波丽驾驶EVA零号机将朗基努斯枪刺入莉莉斯的体内，达到遏制其生长的目的。
此时葛城美里在自闭和失语中度过三年之后，突然开始讲话并且变得异常开朗乐观。
2004年，进行了EVA初号机启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故。真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。
自从唯消失在初号机里的事件发生以后，没过多久碇源堂就决定转而实行《人类补完计划》。（在此之前，他的目标只是实行E计划而已）。
2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，葛城美里和加持良治分手。
2008年，赤木博士完成了超级电脑MAGI的基础理论。赤木律子跟随着母亲尚子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第三新东京市地壹中学校内。
2015年，从第二次浩后经过了十五年，人类重新繁荣。EVA已有3台机体可以实际参与作战，其他机体也在世界各地进行建造和实验。比如：EVA四号与NERV第二支部在美国进行实验。但就在这一年，使徒“水天使”来袭。”