原本大蛇丸是想再过些年，等到药师兜再成熟一些，再用上这位在心目中物色已久的人才。
但是现在急缺人手，尤其是缺少了志村团藏的根部，在情报获取上太薄弱了，所以大蛇丸就提前说服药师兜加入自己。
而说服药师兜的理由，自然就是将志村团藏利用信息差，玩弄他和药师野乃宇两人，打算让他们自相残杀这件事告诉给了药师兜。
但现在的药师兜只不过是十三岁的少年，就算知道了志村团藏的阴险，也没办法对抗。
不按照志村团藏的心意完成任务，药师兜和药师野乃宇两人都必死无疑，这就是根部的行事风格。
甚至还有可能殃及到孤儿院的同伴。
而此时已经叛逃出木叶村的大蛇丸就成为了药师兜唯一的依靠。
自然而然的，大蛇丸就收服了药师兜成为自己的手下。
目前的药师兜是一位多面间谍，频繁来往于五大国之间从事着间谍工作，不断将情报输送回木叶村的根部。
而大蛇丸并没有让现在的药师兜直接反水木叶村，而是继续向木叶输送情报。
但同样的，志村团藏得到的情报大蛇丸也要一份。
这样，和志村团藏合作的情报获取优势就弥补了。
至于为什么从木叶村逃出后就不再与志村团藏合作了，是因为大蛇丸认为在地位上，志村团藏与自己的合作伙伴地位已经不对等了。
如果是单纯的禁术开发，大蛇丸可以向志村团藏分享自己一小部分的研究成果，进而换取自己更快的研究速度。
但如果是死灵之书以及其中的各种秘密，志村团藏就完全没有和自己对等的竞价筹码了。
掌握了死灵之书的大蛇丸自认为是这个世界上最了解那些旧日支配者以及目前所发生的一切不可名状背后真相的人。
换言之，志村团藏能提供的作用还远远不够换取目前自己掌握的这些秘辛。