2308年，“第二次人虫战争”。
停战5年，虫族再次来袭，《星河战队3掠夺者》剧情线开始。
原来，之前被活捉的那只脑虫，它其实是自愿被抓的。目的就是想要从内部破获人类的核心机密。它能通过心灵感应影响人的心智，其中就包括星际元帅安诺克（OmarAnoke）。被脑虫洗脑后，星际元帅访问了罗库山星球上瑞科所在的机动步兵防卫营，此时的瑞科已经升任联邦上校之职。陪同星际元帅同来的，还有不是初恋卡门的瑞科昔日女友萝拉·贝克舰长（CaptainLolaBeck），以及晋升为将军的瑞科曾经的下属。星际元帅偷偷切断了营地的供电，导致阻挡虫族的电网失效，整个营地顷刻间被虫族吞没，死伤惨重。“罗库山战役”就在人类极其被动的形势下打响，瑞科由于越权指挥被宣判绞刑，等待处死。星际元帅和瑞科的前女友乘坐战舰逃离，中途却被电浆虫射中，不得不乘坐救生舱，紧急迫降在OM-1星球上。这一切全都在星际元帅的计划之中。迫降以后，幸存者们发现通讯系统无法与总部进行联系，于是就徒步寻找另一架迫降的战斗机。
在战斗机的位置，见到了虫神（GodBug）——毕罕科托（Behemecoatyl），星际元帅称之为“首脑之脑”。这只与与行星地壳相连的大虫子拥有高等智慧，并且可以通过人类之口，用人类的语言进行交流。虫神也是由脑虫进化而来。据说一旦成为虫神，它就会将自己与整个星球相连。贪婪的吸取整个星球所有的养分，最后甚至能吞噬掉整个星球，变成一颗星球大小的星际虫神。而一旦虫神在某个星球上出现，也就意味着这颗星球已经走向死亡。
此时的星际元帅已经完全臣服于虫族，认为虫族才是更为先进的种族，最后被虫神生吞都乐在其中。关键时刻，瑞科如神兵天降，驾驶掠夺者机甲对虫神和虫群狂轰滥炸，救出了自己的前女友萝拉·贝克舰长。
原来，瑞科并没有被处死，而是加入了一项秘密任务，掠夺者计划，通过神经同步，操控掠夺者机甲大大提升了战斗力。
而前女友萝拉·贝克舰长也不是泛泛之辈，她掌握着人类高科技武器Q炸弹的命脉，行星级别的毁灭性武器。
最后，联邦用一发Q炸弹把整个OM-1星球炸成了碎渣。已经覆盖星球三分之一的星际虫神毕罕科托也未能幸免。
随后是“夸拉沙战役（BattleofKwalasha）”，人类重要的矿区殖民地夸拉沙星球遭到虫族袭击，基于星球矿藏资源的重要战略意义，联邦自然派驻重兵进行防御。而虫族竟然已经把人类的矿洞改造成了运兵的通道。双方大战一触即发。