每年由马尼拉开往墨西哥的帆船一艘至四艘不等，每艘载重三百吨至一千吨。
这些马尼拉帆船，每当六月西南季节风起时启航北上，在进入北纬三十八度至四十度之间水域后，借西风，向东航行，在距离美洲海岸三四百公里的地方，转舵南下，直达墨西哥西岸的阿卡普尔科港，航程约需五个月。
后来，移至北纬四十度和四十二度之间的水域，这样可以利用日本至美洲间由西向东的海流一“黑潮”，加快航程。
从墨西哥回到马尼拉，则先沿墨西哥西岸南行，到北纬十度和十一度之间海域，借东风西行，经马里亚纳群岛(关岛)，续航到菲律宾。
航线相对短一些，约需三个月。
阿卡普尔原是一个不过两百多户的偏僻小镇，由于马尼拉帆船而繁荣起来。
大明的丝绸等货物一部分行销墨西哥、秘鲁等地，一部分则越过大西洋转销西班牙和欧洲其他国家。
马尼拉帆船从拉丁美洲运回的主要是白银，到菲律宾后用来购买大明货物，从而流入大明。
大明一菲律宾—拉丁美洲航线的建立，是西班牙殖民者追求利润的产物。
同时促进了亚洲和拉丁美洲的联系，推动了世界市场的形成。
随着贸易的发展，移居菲律宾的中国人不断增多。
西班牙殖民者占领马尼拉时，当地居住的中国人有一百五十人，几年后增至三万人左右。
当时福建、广东沿海地区特别是泉州、漳州的百姓，纷纷前往吕宋谋生，成为一时热潮。
泉州安平镇习俗好行贾，自吕宋交易之路通，浮大海趋利，十家而九。
大明移民多数居住在马尼拉。
西班牙殖民者规定，在菲律宾的明人不得超过六千人。
这主要出于政治上的考虑，因为西班牙在当地的人口从未超过两千人，他们害怕明人的增多会对殖民统治不利。
作为一种预防措施，殖民者将马尼拉明人集中在当地的八连市场。
西班牙殖民者在八连市场对面的城墙上架设大炮，随时准备镇压。
西班牙殖民者出征美洛居强迫二百五十名中国侨民当兵。
这些侨民不堪忍受殖民头目的虐待，起来反抗，杀死头目，驾船逃走。
这一事件加深了西班牙殖民者的猜忌。
万历三十年(1602)，有个人为了讨好奉命采金的宦官，上疏说吕宋的山上出产金豆，可以采取。
明皇帝万历下诏，由福建当局派人前去吕宋勘查。
三名使者到了吕宋，被逐回，西班牙殖民者由此更怀疑中国想夺取吕宋，便精心策划，在第二年九月发起了对明朝侨民的大屠杀，死者二万五千人。
大屠杀以后，马尼拉的明人所剩无几，社会生活的各个方面都发生困难，中国商船停止前往。
西班牙殖民当局为了自身的利益，又设法鼓励中国人移居。
崇祯十二年(1639)，中国侨民又增至二万八千人。
殖民者再次感到恐惧，将许多中国人遣送到各地修道士庄园中作劳工，并且加重了捐税。
中国侨民难以忍受殖民者的压迫，纷纷起来反抗，但被早有准备的殖民当局用残酷的手段镇压了下去，死亡达两万多人。
明朝政府以及崇祯对于西班牙殖民者的暴行，没有采取任何有力的保护措施。
一方面因为国内社会矛盾尖锐，无暇顾及，自身都难保，如何能对付海外？