深水之中初号机身上的一身行头。都是东拼西凑出来的，他身上使用的探照灯，甚至都是从坠毁的战斗机上拆下来的，有多个战斗机的探照灯组合而成。
至于说能源也不是由岸上与初号机相互连接的电缆提供，而是初号机本身提供了自身几乎无穷无尽的能源，与其连接的电缆只用于信号传输。
红色的海洋有一定程度的隔绝信号的能力，在底部执行任务，如果没有这样一根电缆连接的话，很可能彻底与岸边失去联系。
在初号机入水的同时，岸边的巨大绞盘也在缓缓放出电缆，这不只是初号机和岸上通讯的线路，同样是紧急撤离使用的线路，倘若初号机在水下遇到危险，电缆中的钢筋，就会立刻绷紧，绞盘会在刚刚恢复的电力驱动的电机之下飞快转动，将初号机从水里拉出来。
碇真嗣驾驶着初号机降落在水底之后，将探照灯的功率开到了最大，但也只能看清自己身前不远的位置，红色的海水能见度要比正常的海水低得多，他只能在一片黑暗的水底慢慢摸索。
“尽量将灯光照到更多地方，我们正在根据你探索的区域绘制地形图，图片正在由人工智能自动生成，我们需要你传来尽可能清晰的照片，尽可能是多角度的照片来还原水下的全貌。”蓝诺有条不紊的指挥着探索行动。
人工智能是他临时编写的，在这里绝大部分能力都能发挥出来的他，思维速度本身就已经不逊色于超级计算机，通过自己的人脑来编写人工智能并不是什么困难的事情，无非就是输入到计算设备之中的时候，稍微花费了一点时间。
如今幸存者营地使用的计算设备是从废墟之中抢救出来的几台服务器搭建成的，计算力远远没有超级计算机那么夸张。这也是需要三贤人系统的重要原因之一，由三个人格构成的人工智能，在蓝诺看来也就一般，甚至显得非常任性，远不如他自己编写出来的好用，真正珍贵的反而是计算设备的硬件。
蓝诺肯定是不准备把一整个幸存者营地乃至是整个人类的命运，交给一个喜怒无常还恋爱脑的女人，三贤人系统使用的人工智能，分别是曾经的赤木直子的三个人格，正常情况下，处理大多数问题的时候，这三个人格都是靠谱的。
但一旦遇到了碇源堂，这个赤木直子曾经深爱过的渣男，三贤人系统就会变得非常不可靠，如果不是他没有一个带触手的冰箱作为外设，多半会进化成史上数一数二的烧机。
相比之下，就算是蓝诺们早期获得的火焰女皇，都要比她更靠谱的多。
……
深水之下，初号机探照灯照耀的位置都是一片废墟，在第三次冲击发生之前，nerv总部就已经被人类政府的军队进攻了一遍。威力堪比核弹的超级炸弹，将他们的顶棚彻底炸烂，使徒都难以打穿的防御，在人类的攻击面前却是毫无反抗之力，随后还有接连不断的导弹从天而降，对这里进行覆盖性轰炸。
就连基地最中心的大金字塔，此时也只剩下残垣断壁，初号机虽然巨大，但在大金字塔的废墟面前，体积其实也只能算是一般，只能一点点的。将金字塔的碎片清理出来。
值得庆幸的是，这里是水下，水的浮力相当程度的抵消了重力，初号机并不需要耗费多大的力气，就可以把破碎的建筑碎片一点点转移。
“我找到了基地的入口，不过以我现在的体型是很难从这个入口进去的。”碇真嗣找到了基地正常的入口，但那里是让人进入的，不是让他这种巨大的机体进入的，如果从这个入口挤进去的话，绝对会把这里弄塌。
“绕到金字塔另一面，根据之前记录到的图片显示，你们从地下弹射出击，走的就是那边的通道，那边应该有直接通往基地深处的竖直甬道。”蓝诺将坐标发给了碇真嗣。
随后在他的视野之上就有一个红点标注了他接下来要前进的方向。
“我想起来了！之前和雨天使对战的时候，我们就被困在过那条通道中，那是所有使徒里面唯一一个可以用枪杀死的，我怀疑那一次就算我们三个不出击，人类也可以依靠军队的力量将那个使徒杀死。”碇真嗣回忆起当初他在基地中的作战，三位驾驶员如果不是受困于地形，在直上直下的通道之中被雨天使腐蚀性的眼泪袭击，大概只需要一梭子子弹，就可以将这个最菜的使徒秒了。
根据视野之中的红点，碇真嗣很快就找到了之前战斗过的竖井，这里是EVA出击所用的通道，因此使用的材料都是最为坚固的，即便是在导弹轰炸之中也没有垮塌。
“这里面的路我认识！我想起来了，上次停电的时候就是从这里出来的，从这进去的话，我应该能够找到三贤人系统的主机。”
碇真嗣像是攀岩运动员一样，在通道之中攀爬，不断的下降，有之前在这里面作战的经验，他对于这一切也算是轻车熟路，比较轻易的就找出了通往基地深处的道路。
蓝诺看了一眼绞盘上所剩不多的钢缆，对碇真嗣道：“接下来的行动之中，你可能要失去来自地面的支援了，我们的电缆所剩不多。
如今幸存者营地才刚刚建立，搜集到的电缆加起来也只有这么长，基地内部的地形复杂，恐怕过一会儿电缆就彻底不够用了，那时候你必须要独自完成任务，做好这个心理准备了吗？”
碇真嗣点点头：“放心吧，我已经记住进来的路了，就算是失去联络，我也能从下面离开的。”
随着他的前进，他也发现，自己身后牵着的电缆的拉力越来越强，那是因为原本可以飘荡在水中的电缆，因为长度不够，已经逐渐被他拉直，自然也就导致拉力越来越强。
终于在走过几个转弯之后，电缆彻底无法继续延伸，碇真嗣最后和地面进行了一次联络之后，拔掉了，插在初号机上的电缆，同时来自地面的情报支援也随之断掉，屏幕上出现了一堆雪花，虽然基地厚重的外壳和深水，隔绝了与外界的无线电波，他已经与地表失去联系。
换做以往的话，碇真嗣可能会因此而感到恐惧，感到不知所措，甚至可能会被吓得躲在角落，然后等到氧气耗尽，维生系统无法继续维持，等到初号机暴走，但现在他肯定不会了，失去了电缆的束缚，他的行动反而更加的顺畅。
在探照灯所能够带来的有限的视野下，飞快的深入基地，很快就找到了之前的指挥大厅，他对这里还算是比较熟悉，当初也驾驶着初号机闯进来过一次。
那次是力天使入侵，碇真嗣驾驶初号机在千钧一发之际撞碎了指挥大厅的墙壁，将力天使从指挥大厅中打了出去。
对于这段战斗他的印象还是比较深刻的，在一次次和使徒的对战之中，这也算得上是他的高光时刻了，单挑最强使徒，然后借用发射EVA的弹射装置硬生生把两个人送到地面，避免了进一步破坏。
在没有其他两位驾驶员支援的情况下，独自面对力天使甚至是差一点战而胜之，如果不是后来没电了，他真的有可能靠着自己的力量将力天使的S2机关摧毁。