刘邦大怒，说：“萧何乱放高利贷，强抢民田，现在还要抢我的上林苑。”
刘邦命令廷尉给萧何戴上枷锁，先行关押，等待问罪。逮捕丞相，皇帝下令，不经程序，这就是皇威。当了那么多年的皇帝，刘邦还是喜欢滥用权力。过了几天，一个姓王的卫尉对刘邦说，萧何没有大罪，关押萧何不应该。
“我听说李斯做秦朝丞相时，有好处归秦始皇，黑锅自己背。萧何收受商人钱财，还抢我的上林苑给百姓。他在百姓前做好人，我就是坏人。因此，关押他。”刘邦不以为然。
“只要有利于民就为民请命，那才是真正的丞相。皇上怎能因此而怀疑萧相国！皇上同项羽相争数年，陈豨和英布造反，皇上领兵亲征，萧相国留守关中，如果相国真有私心，在关中弄事，关中就不是你的了。萧相国不趁此专权弄利，又怎么会收受商人的贿赂！再说，秦朝之所以失去天下，全是李斯蒙蔽皇上，李斯不值得效法。如此看来，皇上对萧相国的疑心未免过于浅薄。”
这卫尉说得入情入理，但刘邦心中就是不解气。这卫尉根本不知道，天下只有做错事的臣子，没有做错事的皇帝。
几天之后，刘邦的火气消了，理智再次占据上风。过了几天，使者持节将萧何给放了。萧何一生恭敬有礼，至死不改，受委屈也不变。萧何换套好衣服，恭恭敬敬地去向刘邦谢罪。“相国就不要如此了。相国替百姓请求我的上林苑，我竟然不许可，我不过是与夏桀和商纣一般无二的皇帝，而相国你却是贤相。我之所以拘押你，是想让天下百姓知道我的过错。”刘邦这话是强说理。
萧何虽然有智慧，但在主人面前就很呆笨，用不上智慧。萧何面见皇上时恭恭敬敬，大气都不敢出一口，他那一颗七巧玲珑心不知跑到哪里去了。刘邦如此说，萧何竟然相信，恭恭敬敬地为刘邦效力去了。臧衍对张胜说了几句话，致使卢绾造反不成，逃亡在外，最终客死异乡；刘邦对萧何说几句好话，萧何又兢兢业业地管理大汉。
惠帝二年（公元前193年），正月，这个春天有点怪。史书记载陇西（今甘肃临洮）发生地震。
古人觉得天地忽变，人间必定发生大事。果然，刘仲死了，接着萧何只剩一口气。或许刘仲不重要，但为汉朝立下汗马功劳的萧何一定重要。萧何要死了，惠帝刘盈去看望他。
刘盈对吕雉开始实行冷暴力，整日饮酒作乐，听说萧何病危，前往看望萧何。刘盈作为皇帝是有点懦弱，但他知道轻重缓急，他知道刘氏王朝全靠萧何的兢兢业业，鞠躬尽瘁。萧何这根大梁就要倒了，梁倒大厦危，谁是下一根大梁呢？
刘盈问萧何：“你死后，谁可以替代。”
萧何讲：“了解臣子的莫过皇上。”萧何的意思是说，你应该知道我的心意。刘盈问曹参是否可以。萧何一听，很高兴，说：“皇上知道了，我死也瞑目！”
身为相国，萧何勤勤恳恳，任劳任怨，可以说是大汉朝廷的功臣，但他竟然住在一条又穷又辟的陋巷，房子也很破旧。萧何将一生都奉献给大汉，没留下什么给子孙，唯独留了一句话：“如果后世子孙贤，他们应该像我一样勤俭；如果不贤，我遗留的积蓄也会被他人仗势夺走。”
老子当初也送孔子这几句话。
在历史上，对刘邦的性格没有好评。萧何却不同，他的形象越来越光辉。萧何死后，后世的几位皇帝都害怕绝了这种功臣，对萧何的后代关照有加。