“天人三策”是以儒家学说为基础，以阴阳五行为框架，建立起一个具有神学倾向的新儒学思想体系。
在“天人三策”里，董仲舒引用并发挥了《春秋》，将自然界的灾异变化和人类社会联系在一起，认为如果人君有道，治国有方，那么就会天降祥瑞；反之，如果人君纵情享乐，不顾百姓死活，那么就会爆发地震、泥石流等自然灾害。这时候，上天还没有放弃自己的儿子——“天子”，所以这些自然灾害只能算是一种警告，可是如果人君还是不知悔改，那么灾害就会越来越多，直至国破家亡，宗庙毁坏。
可以看出，仲舒的儒学不但与孔子不同，与相对较近的孟子相比也大大不同。他的学问里似乎融入了稷下学宫阴阳家邹衍的五德终始、阴阳感应学说。当然，董仲舒学问的主体还是儒学，他提出“天人交感”渲染灾异变化，主要是为了约束至高无上的皇帝，因为经过了秦朝的二世而亡，汉初的有志之士已经看出了过分集权的危害，因此被秦始皇废止的分封制又开始在高祖刘邦手下复活。
那么，如何做才是有道呢——这才是董仲舒的重点——当然是兴儒学，不光是兴，而且要定儒学为一尊。其他百家杂说在董仲舒眼里都是胡说八道、惑人耳目的，所以要“悉罢之”。
但他似乎忘了，自己的儒学不是“纯正”的儒学。
这世间有“纯正”这一说吗？
任何所谓“纯正”的东西，都要追根溯源到其“始祖”，正如纯种的狗和马，人们都能追溯到它的祖先多少多少代，其族谱比大多数人还要健全完备。
人们当然可以假设孔子的学问是真正的儒学，那么孔子的学问是哪里来的呢？传说他也曾求教于老子，难道可以说，其实真正的儒家是道家吗？孔子一生里最崇敬的人是周公，他也一直以推行、复兴周礼为己任，难道可以说第一个儒家不是孔子而是周公吗？若真是这样，为什么称儒家为孔门，而不是周门或旦门（周公名旦）？
不但如此，仔细推敲《论语》，人们会发现，孔子并非没有法治的概念，只不过他更看重德治和礼治罢了……凡此种种，难道可以说真正的法家都是儒家吗？其实，儒也好，法也罢，都各自有其上古的源流——这个问题是说不清的，因为时代太久远了，材料都湮灭了——只不过流传至后世，各人的侧重点有所不同，孔子重德重礼，而韩非、李斯这些人更重严刑峻法。
一种学说的创立，当然不可能凭空捏造，必是在总结前人经验的基础上才能形成，所以要“江海不择细流”以“就其深”，要泥沙俱下，不能“择善固执”，因为太多时候，由于人类生命的短促和视野的狭窄，并不能、并没有能力判断什么是“善”。所以现在的人非常看重多样性，无论是物种多样性，还是文化多样性，因为保护了多样性，就是给我们的子孙留下了更加广阔的选择空间。
董仲舒的这个提议，显示了他“独霸学坛”的野心，所以与其说他的“独尊儒术”是出于安定天下的公心，倒不如说是出于显扬自我的私心，尽管这种私心可能连仲舒自己都没有察觉到。
那么，具体应该如何尊儒呢？董仲舒提出了捆了中国人两千多年的“三纲五常”——君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲。从思想方法上来说，董仲舒的三纲五常与孔孟是如出一辙的。
孟子主张王道，所谓“内圣外王”，他是将孔子的“礼治”思想发挥到了极致的，将每个人都塞进了一个小格子里，不能超越本分，如此也就海内治平，再无纷争了。
董仲舒也是一样，君臣父子夫妻，只要恪守其道，那么天下大治还会远吗？
无论董仲舒的学说怎样，武帝被他打动了，因为他的“独霸学坛”的气魄，与他的“大一统”梦想是契合的。因为，这里面都有一种深植于一般人头脑中的美学观——整齐，武帝是不能容忍他掌舵的汉朝再如以前一样，诸侯国各自为政，整个国家如野草生长似的，他要为这个国度立规矩。
不久，仲舒的学说为武帝推重了。可是武帝知道他只是一个困守书斋的学究，所以并没有委以大任，而是派他做了江都易王刘非的国相。刘非一向桀骜不驯，可是或许是慑于董仲舒的大名吧，在董仲舒到了之后，竟然对他礼敬有加。不过董仲舒的道德学问是没法感染他的，他仍是整天胡作非为。董仲舒知道这样下去必然惹祸上身，于是不久辞官回家，此后一直潜心著作。期间武帝也常遣人向他求教朝廷大事。