熊廷弼没有了文官的制约，他的军事才能才真正发挥出来了。福建巡抚南居益、新任浙江巡抚洪承畴及两省兵马，由熊廷弼指挥。
两省海军占据上次澎湖海战大明占领的的岛礁，这里已经修建了棱堡，任何进出尼德兰热遮拦基地的舰船均在明军的大炮射程之内。
自从科恩调走尼德兰主力战舰和两个陆战队3000兵力，只给普特斯曼留下5艘盖伦战舰和原来守护热遮拦堡垒的步兵1000人。
从此尼德兰人再也没敢走出热遮拦附近的海域，普特斯曼只能死守要塞。他坚信固若金汤的热遮拦堡垒，加上港口的巨炮，还有战舰上的200门大炮，能够阻挡大明的进攻。
王宏宇早已把热遮拦堡垒及其周围的军事设施研究了无数遍，结论是：热遮拦堡垒只能围困，不能强攻，否则要付出惨重代价才能打下堡垒。
熊廷弼到达澎湖后用望远镜仔细观察了热遮拦堡垒及其周围的防守体系，马上明白了王宏宇的意图：困死热遮拦堡垒的尼德兰守军，最后逼他们放弃堡垒逃跑。
离开了热遮拦堡垒，尼德兰的盖伦战舰没有了依仗，只能在海峡内被大明的战舰消灭或者缴械投降。
熊廷弼亲自抵达澎湖，指挥兵马依次登录，保障大量物资上岛。在尼德兰大炮射程外构筑防御设施，形成对视和围困。
当然土工作业就非常关键了，挖战壕、建造简易棱堡，以堡垒围困堡垒，绝不贸然进攻热遮拦堡垒，以免造城巨大丧亡。
王宏宇的战略措施是南守北攻，熊廷弼很赞同他的策略：在战斗中消灭敌人的有生力量，以最小的代价取得战争的胜利，这就是王宏宇一贯的作战方针。
熊廷弼按照地形对热遮拦堡垒进行了东、西、南、北四面围困，北面山林是岛上大肚王国领地，其实那里是最好的埋伏地点。虽然大肚王国倾向于大明，但是军队进入他人领地与入侵无异。