虽然高拱当国时主持的开海给大明朝廷从沿海官绅那里争取来了只一两万两税银收入增加，但至少也是真的在为国谋利，保证福建海域的水师具备一定战斗力是没问题，也比徐阶这种连一两万两也不舍得为朝廷争取的要好。
徐阶听朱翊钧这么说后，抽泣起来：“罪员悔之晚矣！”
朱翊钧接下来不久后就让侍御司拟旨对徐阶的个人功过进行了一番客观性的描述。
处置徐阶的诏旨，先肯定其了功绩，再昭彰了他的罪责，然后说明了考虑其曾在世庙时有庇护忠良与拨乱反正之功绩还保障了先帝顺利即位功绩的基础上，决定饶其凌迟之极刑，而改为赐死，留其全尸。
至于为何没有饶恕徐阶死罪，也予以了特别说明，皆因为治国首在强国，罪恶也首在叛国，而更甚于谋大逆，故不能不处死，而儆效尤。
而徐阶之子徐蟠、徐琨、徐瑛也因为参与走私叛国，而被处以大辟之刑，只是看在徐阶曾有功于国的份上，开恩改凌迟为斩立决。
徐阶之孙徐有庆以其不知情，且念其祖父辅弼功而判充军流放东番。
徐阶之兄弟徐陟一族，因其未直接参与谋逆，且考虑徐阶曾也有功于朝廷，而徐陟本人也曾为国出力，故皆流放东番。
徐阶本人虽然已经知道了朱翊钧还是要处死他的结果，但在听到赐死他的圣旨内容后，还是哽咽不已地跪了下来，且道：“罪员有负国恩，罪有应得。”
而在徐阶跪下时，太监张鲸就让人把一杯毒酒端了来：“那就请上路吧。”
徐阶则颤颤巍巍地抬起了头，紧抿着嘴，然后伸出瑟瑟发抖地手接过了酒杯，有着两厚重眼袋的老眼瞅向张鲸：“公公，陛下可还有什么口谕？”
张鲸道：“没有。”
徐阶听后沉吟了片刻，然后就苦笑了一下，接着就将酒杯放在了唇边，然后一闭眼一仰脖，就将毒酒吞了下去。
吞了后，徐阶就再次笑了起来，说：“叔大，为师来见你了！你应该不会想到为师会这么快就来见你吧，没办法，谁让你走了呢。早知道如此，为师无论如何，都会希望你多活几年的！”
说后没多久，徐阶就倒在了地上，且抽搐起来，面容极为痛苦，张嘴欲言，却只能发出卡卡之音，同时只拿自己的手抓着自己胸口的衣襟，而没多久，便没了动静。
张鲸见此走了过去，试了试他的鼻息，见徐阶断了气后，就对一起来的刑部、大理寺、都察院派来的官员道：“你们也来试试吧，以免说咱家没认真处决他。”
三法司的官员便也来了试鼻息，且都颔首承认徐阶已气绝。
于是，徐阶就这么于万历十年九月底赐死在锦衣卫的诏狱里。
至于徐璠、徐琨、徐瑛三人与直接谋划和执行挖掘张居正御赐父坟的罪犯张府家奴周华、僧人明祯、生员王汝贡则被押赴刑场处以枭首极刑。
“父亲，怎么会这样啊，江陵死了，儿子不但不能还乡，反而还要被处斩！”
徐璠在被斩首之前颇为痛苦地仰天吼问了起来。
徐琨也很不解地看向徐瑛：“老三，你应该清楚，这到底是为什么，按理我们这些垄断海利的豪绅是不会被朝廷查到的才是的。”
徐瑛哭丧着脸道：“二哥，您不知道，人家早就盯上了我们，以至于把九妹妹都变成了他们的人，只怕就等着江陵亡故后好对我们下手呢。”
徐琨听后不禁龇牙，但又什么也不敢说。
“斩！”
而待时辰一到，监斩官将令牌丢下后，三人和明祯、周华、王汝贡三人皆被斩落首级。
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