黑暗不可能真的消失，它与光明本为同体，它只是蛰伏在了光明之下，黑暗在被困之前，偷天换日，给自己埋下了一颗种子，这颗种子就是黑暗巨神。
女娲在得知这些的同时，也知道了祖君们利用黑暗秘法竟然将死界和洪荒天界联通了，由于洪荒天强者不能离开洪荒天，再有以前的祖神们依然与他们在那一界互相牵制，所以无法降临死界来助它们征战四方。
由于各界都被封困了，女娲也无法脱身出死界，于是她想用刚刚杀死的祖君之骨模仿死城魔井制造一个通道，但最终没有成功，这个通道只能达到由虚凝实的作用，于是女娲便如萧晨那样回归了九州，她发现死城拘谨了很多强者，这些人已死，却被控制，只剩下保卫这座城的意识，女娲无心毁灭它们，对于祖神来说，这一切实在不足一提。女娲直接来到燧人氏的尸体旁，给他盖上裹尸布，之后到东海寻到处于迷失之中佛陀的无上无量佛身，也为其披挂了裹尸布，然后以大法力给整座龙岛设下了神光等封印，她连番战斗，所剩力量不多，一番布置之后，力竭，被拉回了死界。
女娲回到死界后，恢复了一点力量，用祖君骨骸炼制女娲戒，然后再次回到九州，以女娲戒盛装始祖龙仅剩的头骨和仅余一丝魂魄的伏羲，然后在洛阳城处将全身力量困于地下，从而达到力竭被拉回死界的目的。后来，女娲留在洛阳的力量，被萧晨驾驭的上古黄泥台吸收了。
女娲还记挂着龙族和死城，龙族是一股强大的力量，不可被永世封困，她为了给龙族留下出去的希望，将禁忌封印设定为每隔一段时间开启半年。
为了以防万一，她还炼制了祖龙船，祖龙船为始祖龙头骨炼化而成。龙王集齐可召唤祖龙船，这些龙王到外面的世界才会有更大的神性，成就祖龙的机会就更大。
而同时，她也给那些能够逃出死城的强者留了后路，那便是君王船，由祖君骸骨炼制，她将伏羲身躯安放其中，由于伏羲之前承受了死城无尽煞气，所以此时他的气息才如此阴邪。
做完这些之后，女娲开始恢复伤体，她在疗伤期间，点化了一位火种生物，而且将女娲戒送于了它，它，便是神村中人的祖上。
然而，女娲却不知道，无数岁月之后，祖君骸骨中的死亡力量和死城残留之力竟然泯灭了伏羲最后一丝残魂，此时伏羲以身上的死气为引，吸进祖君残存之力，从而踏上了另一条路，那便是逆死而生，成就祖君，他复活后定然会记起前世一切，虽为祖君，也必会守护九州。
伏羲的异变，女娲虽不知晓，但对死亡气息敏感的重伤垂死在深渊下恢复的黑暗祖君却发觉了，它感应到一位沉睡着的强大死亡存在在产生，然而，它此时却无能为力，在长生界大战后，其它的祖君早已陷入深度沉睡，即便是他，也不过是仅能维持一丝微乎其微的灵识清醒，它靠着这丝灵识发现了伏羲，无奈下，只有借助种族之力，于是，在把这个消息传递到洪荒天之后，这位祖君唯一清醒的一丝灵识也不得不疲惫的回归本体，陷入沉睡。
黑暗族虽不能离开洪荒天界，但却不乏大能力者，于是，一些功参造化的黑暗巨擘，动用莫大法力，穿越浩瀚虚空，向着君王船发出一击。然而，让他们始料未及的是，那强大的攻击还没有轰中目标，一艘神光灿灿的伟岸巨船，拖着翻天覆地的金色浪潮，宛若灭世巨龙腾跃而至；于此同时，一座透发无尽死气，威压震慑天地的森然古堡，承载于茫茫骨海之上，犹似诛灭乾坤的史前巨魔骤然降临。
巨船、君王船与古堡同时发出惊天动地的攻击，洪荒天的毁灭气劲，在四股力量作用下，瞬间湮灭了。
黑暗族一击后，便不再发难，他们知道，有巨船和古堡，再怎么也无法攻破，而他们发出的力量，透过无尽时空，已经受到极大削弱，那种程度的气劲无法撼动两船一堡。
另外的一艘船，自然是祖龙船，祖龙虽死，却有着一丝生前的执念，所以，本能为引，促使它来抵抗洪荒天对君王船的轰击。
古堡，位于死界深处，这座古堡承载了数个四方世界祖君的血液，而那些困界天碑，正是这些祖君们的躯体。他们被黑暗祖君诱杀于古堡之中，血水浸染了这座魔城，由于执念所然，才在君王船受到攻击的时候由虚凝实而来，而且，也只有那种强大无比的攻击才能够触动它。
光阴如烟云流过，很久之后，一位英俊青年从容的走出了死城，但，与他阳光明媚的外表不相称的是，他的一双眼睛里充满着沧桑与忧愁。
青年没有飞天遁地，他只是一步一步行走于龙岛的山岭之间，但极其不可思议的是，那些龙族似乎看不见他，即使他在一头狮王龙的眼皮底下经过，也没有引起狮王龙任何注意。但是，凡事总有例外，当他越过一道山梁，沙滩在望的时候，一位老者无声无息的出现在了前方。
老者定定看着青年，青年也停住脚步看着他，青年知道老者可以发现他，因为他感应到对面看似老弱的身体里，承载着强大的力量，那是应属于祖神级才能拥有的力量。
青年闭上眼睛，然后猛然的睁开，眸中闪现一片黑芒，之后悄然散去了，像是下了什么重大决定，他紧握拳头，然后缓缓松开，朝着老者摇了摇头。老者似乎会意，露出一丝微笑，他的身影随着笑容展开，瞬间淡化，似风般寂静飘散。
青年继续前行，不久到了沙滩边，那蔚为壮观包含雄浑力量的金色浪潮被他无视，他的注意力完全投注在了沙滩前的一个人的身上。这是一位女子，纤弱的身躯似乎随时都会被澎湃的海风卷走，但青年自然知道这样的事情恐怕永远都没有机会发生，即使再强十倍百倍的风浪，也不能对她有丝毫触动。
青年静静的在不远处看着女子，女子宛若石刻一般，一直注视着辽远的海天之外，眼中满是希冀和忧伤，这种希冀和忧伤似乎引起青年内心深处与之共鸣，他竟忘记了隐藏，很是突兀的显露出了身形。
似是沉静无波的女子，宛若落叶惊鸿，骤然间浑身暗月般的光芒大涨，抬手挥出一道似直贯天地的毗连，之后瞬息远遁，于遥遥数里之外传来灵秀渺然的声音“你非我龙族，如何而来，有何目的？”
事发突然，起初青年也是一愣，但随之释然，知道自己出现惊到了对方，他望着女子挥出的攻击一笑，那攻击所对的敌人仿佛变成了空气，径直湮灭在金色海洋的浪涛之中。
正所谓不打不相识，青年与龙女从相敌、相知到了相恋，尽管青年的来历震惊长生界，但龙女不顾一切的接纳了他。