因为藤原家族长期担任摄政和关白的职务，所以藤原家族掌权这段时期统称为摄关政治。
藤原家族的权力的日益膨胀，开始威胁到天皇的统治地位。
于是到了白河天皇时期，他为了抵制外戚藤原氏，让位于年仅8岁的堀河天皇而成为太上天皇，在居处建立院厅，并任命了官员。
院厅得到了受到藤原氏压迫的官员的支持，上皇也因此拥有了和藤原氏抗衡的实力，这段时期被称之为“院政时代”。
这段时期，出现了很多的武士集团，而其中最大的两大武士集团为平氏和源氏。
后来，崇德上皇和后白河天皇之间爆发争夺皇位之战，由于这场内乱发生于保元元年，史称“保元之乱”。
终于，后白河天皇在平清盛和源义朝的支持下，先发制人，取得了这场内乱的胜利。
平清盛和源义朝都因此受到了奖赏，但平清盛得到的官位却比源义朝高，这让源义朝大为不满，二人之间的矛盾也在不断地激化。
后来，源义朝趁平清盛离开京城参拜神社之机，联合藤原信赖拘禁上皇和天皇，杀死了天皇的亲信。
在外的平清盛闻讯，立刻赶回京城，击败源义朝，并诛杀了藤原信赖，而源义朝在逃至尾张时被手下杀死。而源义朝13岁的儿子源赖朝幸免于难，被流放于伊豆。史称“平治之乱”。
经此一事，平氏势力急剧膨胀，确立了霸权地位。平氏家族门下的庄园竟多达五百多处。
平氏的独裁压制了天皇以及贵族们，上层势力不断发动fǎn • dòng平氏的斗争。除此依旧，地方上不满平氏专权的斗争也在不断云涌。
此时，流放到伊豆的源赖朝被当地的土豪北条时政看中，成为了他的女婿。
后来，源赖朝在岳父北条时政的帮助下，起兵讨伐平氏，起初惨败。
后来两军再次对战于富士川，源赖朝吸取了前面失败的教训，没有轻敌，在正面摆出决战态势的同时，采取迂回包抄战术，令武田信义率军在夜深入静之时，包抄敌后。武田军通过富士沼泽地时，惊动了群集在沼泽地里的水鸭，群鸭惊恐，鸣叫乱飞，平氏军吓得魂飞魄散，源氏不战而胜。
此战以后，平清盛便一病不起，两个月后离开了人世。
后来，平氏与源氏之间爆发了坛浦之战，源赖朝三路大军分别从陆地和海面同时夹击平氏军队，取得了最终胜利。
消灭平氏以后，源赖朝并未接管京都政府，而是远赴镰仓，建立自己的势力。后来，后鸟羽天皇的授予源赖朝“征夷大将军”称号，镰仓幕府正式成立。
自镰仓幕府成立之后，天皇和幕府之间的斗争一刻也没有停歇过。
后来，各地豪族在后醍醐天皇的号召下，纷纷开始倒幕，镰仓幕府派足利高氏前去平乱，足利高氏早已不满北条氏专制政权，途中倒戈。最终，上野豪族新田义贞攻占镰仓，镰仓幕府倒闭。
足利高氏，应叛乱有功，受天皇赐名，改名为“足利尊”氏，因为没有被册封为将军，“足利尊”氏心有怨愤，打算伺机而动。
后来，足利尊氏占领京都，软禁了后醍醐天皇，并拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。后来，光明天皇任命足利尊氏为“征夷大将军”在京都建立足利幕府，史称“室町幕府”。
室町幕府成立之后，全国局势长期动荡不安，各地农民起义频发。一部分流民为了逃避战火，开始逃往海外。
其中有一部分人就逃到了中国沿海。这部分为了生存就加入到了海盗集团，这些海盗集团经常掠夺大明沿岸城镇，因为其绝大部分成员来自于倭国，所以中国人称呼他们为“倭寇”。
朱元璋为此大为头疼，迁怒于日本，后来找了个终止了与日本的朝贡贸易关系。
此时，由于日本国内战争频发，财源枯竭，室町幕府将军足利义满在朱允炆在位时期就极力恢复了两国的朝贡贸易关系。
可使节刚回日本没多久，足利义满又得到了朱棣即位的消息，所以足利义满又遣天龙寺僧人坚中圭密为使入明朝贡。
而陈祖义这次打的就是这条朝贡船的主意。
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