于是，从西元1206年——西元1635年，“成吉思汗”所建立的“大蒙古国”寿终正寝。到了西元1641年，额哲去世后，其弟阿布奈继承袭爵，惟有阿布奈其子布尔尼作乱，被康熙帝处死，使“察哈尔亲王”被废。
纷纷扰扰四百年，“大蒙古国”的历史有过辉煌，有过衰败，有过非“黄金家族”的鬼力赤和也先称雄大漠，也有“黄金家族”的“达延汗”和“俺答汗”热衷恢复“元朝”，更有“满都海夫人”和“三娘子”这等蒙古女英雄！
但是，他们的业绩都已经烟消云散，只留下草原上的敖包静静矗立，告诉后人这片土地上的曾经发生过的盛衰兴亡，但在中国古代历史上，农耕民族和游牧民族的战争总是持续不断的进行着，就比如现在。
秦汉和匈奴、隋唐与突厥、两宋和辽金、明朝和满蒙，都曾经上演了长期的对峙和拉锯。到了明朝，北方大漠成为了蒙古人的天下，而明朝和蒙古在“边墙”（长城）上下对峙了200多年，这还不包括“后金”。
西元1368年，朱元璋的大军攻破了北京，标志着元朝作为当时的大一统王朝正式宣告灭亡。同年，朱元璋在南京称帝建立“明朝”。元朝灭亡后，蒙古势力基本退回大漠，但尚未放弃“元朝”国号，史称“北元”。
于是，朱元璋时期对蒙古的战争，主要就是用武力逼迫逃回大漠草原的蒙古人放弃“大元”这个国号。
西元1369年，朱元璋派遣常遇春、李文忠率领步兵8万、骑兵1万进攻“北元”上都开平。这次出征很顺利，因为城破之前，元顺帝孛儿只斤妥欢帖木儿就被迫逃亡到应昌（今内蒙古赤峰）。据说，元顺帝当时还作下一首歌来表达自己的悲伤：“失我大都兮，冬无宁处；失我上都兮，夏无以逭暑”。亡国之君苦啊！
此后，朱元璋又陆续派遣大军北征北元。西元1370年，朱元璋派遣徐达、李文忠、邓愈、冯胜、汤和统领大军，分3路进攻蒙古。其中，李文忠为东路，从居庸关进入大漠；徐达为中路；冯胜为西路，主要从河西一带进攻蒙古人。这次出兵，徐达在沈儿峪口大败王保保，俘获北元官员1800多人，士兵8万多人。
此时，元顺帝因哀伤过度而突然去世了，其继承者和宗室又逃亡到了后世外蒙古国的古都哈拉和林。
从西元1368年元大都被明军攻克开始，明洪武三年(西元1370年)，元顺帝妥欢贴睦尔死于应昌，元朝太子爱猷识理达腊继位，即“元昭宗”。于是，北元朝廷退据哈拉和林，仍用“元”作为国号，故史称“北元”。
当然，后世史学家中也有人称“北元”为“残元”。“北元”政权仍以外蒙古哈拉和林之为首都，苟延残喘。