“锦衣卫”的首领称为“指挥使”（或“指挥同知”、“指挥佥事”），一般都由皇帝的亲信武将来担任，很少由太监担任，故属于“外臣”。而“东厂”、“西厂”的首领是“宦官”，即“太监”，负责管理大内事务，为“内臣”。
在与“锦衣卫”的关系上，“东厂”后来居上。由于“东厂”的“督主”（“厂公”）与皇帝的关系更密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝信任。因此，“锦衣卫”想要向皇帝报告，要具疏上奏，则“东厂”可口头直达。
皇帝还赋予了“东厂督主”以监督“锦衣卫”人员的权力。因此，“东厂”和“锦衣卫”的关系也逐渐由平级变成了上下级关系。特别是在宦官权倾朝野的年代，“锦衣卫指挥使”见了“东厂督主”甚至还要下跪叩头呢。
“西厂”在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间成立了一个新的“内廷机构”——“西厂”。其势力甚至超过了其老前辈“东厂”。尽管“西厂”仅成立5个月就被撤销了，可是只相隔一个月，宪宗又恢复“西厂”。
明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，于是“西厂”复开。但没多久，刘瑾倒台，明武宗才下令撤销“西厂”。而“西厂”作为一个“临时产物”，就这样在异时空历史上消失了，却在这一时空重开。
“东厂”、“西厂”与“锦衣卫”的共同点是监视、侦查、镇压官吏们的不法行为，即“巡查缉捕”，但也负责对天下百姓的审查和监视，凡是一切不利于朝廷统治的东西都要被清除，不利于皇帝的言论都要被禁止！
总之，出于皇权专制政权的内部需要，皇帝需要一个dú • lì于官僚机构之外的势力来供自己使用。于是乎，“东厂”、“西厂”与“锦衣卫”等专门服务于“皇权”的“特务机构”就应运而生了，并且“业务范围”越来越广。
“锦衣卫”创立于洪武十五年（西元1382年），是明朝特有的军政情报搜集机构，主要职能为“侍卫仪仗”和“巡查缉捕”，其首领称为“锦衣卫指挥使”（正三品），多由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。
“锦衣卫”可以逮捕任何有嫌疑的对象，并在诏狱中对其进行不公开的审讯，“三法司”（“刑部”、“大理寺”、“都察院”）均无权过问。“东厂”则创立于明成祖朱棣执政时期，因为当时的朱棣觉得，和身处宫外的“锦衣卫”相比，自己身边的太监更为可靠，而且太监都在皇宫之中，联系起来也比“锦衣卫”更加方便灵活。
于是，在永乐十八年（西元1420年）十二月，朱棣设置了一个被称为“东缉事厂”（简称“东厂”）的新“特务机构”，由自己的心腹太监担任东厂首领，即“提督东厂太监”。厂内人员则尊称其为“督主”或“厂公”。
“东厂”的职能是监视官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。故“东厂”的侦缉范围很广，从朝廷会审大案，到朝廷各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。
尽管“东厂”和“锦衣卫”属于“并行机构”，不存在上下级的关系。但因“东厂”离皇权更近，其权威要高于“锦衣卫”。尤其到了明朝中后期，提督东厂太监个个权倾朝野，比如著名的王振、刘瑾、冯保、魏忠贤、曹化淳。所以，“锦衣卫”在无形中就矮了“东厂”一截，甚至还有“锦衣卫指挥使”主动拜东厂“厂公”为干爹。
明宪宗成化十二年（西元1476年），有个叫“李子龙”的“妖道”在京城里装神弄鬼，后来又跟太监们勾结在一起，堂而皇之地在深宫大内逛了一圈，结果把成化皇帝吓个不轻，觉得“锦衣卫”和“东厂”靠不住了。