而在此之后，明廷也先后采取了多项备倭措施，如强化东南沿海军备，筹措军费粮草，收集日本情报等措施。在开动东南沿海战争机器的同时，上至朝堂，下至民间，凡是有识之士都纷纷上奏，讨论各类备倭事项。其中，就不乏“捣巢日本”的先发制人之策，而这类策略也得到了明朝高层尤其是皇帝老子重视。
例如，《明神宗实录》记载，总督两广侍郎刘继文上书防倭条例：“仍将倭奴入犯情节晓喻粤夷，令其擒斩关白入献，重加赏赉，尤消患安邦之一策也。着如议行。”就提到动员在广东的葡萄牙人去攻打日本。
来自民间仇俊卿的“治本之策”有记载：“（仇俊卿）死之岁，闻平秀吉（丰臣秀吉）将入寇，犹愤发，贻书浙抚，请如汉横海楼船故事，张中国威，观者状之。”（《天启海盐县图经》）说明百姓关心国事。
如果说以上“捣巢之策”的提出者，还局限于地方官与民间人士，不能代表明廷方面的意见，那么“万历皇帝”（“明神宗”朱翊钧）的“征倭敕令”，也许可以说明当时明廷对即将大举入侵朝鲜的日本的态度如何？
据《宣祖实录》记载：“初，我使黄允吉等往日本，秀吉贻书我国，使之整其军兵，与日本合动直犯上国。我国举义斥绝，即于其年（宣祖二十四年）四月，因圣节使金应南之行具由奏闻。中朝先因许仪后亦闻倭谋，令我国要结暹罗、琉球等国合兵征剿。”这说明日本故意放出假消息，欲联合朝鲜入侵中国明朝。
《再造藩邦志》也记载：“金应南之回，天子降敕谕，赏白金、纻丝、彩段，使臣等亦令有司例外加等，且谕结暹罗、琉球等国合兵抄击。”尽管这条敕书更多的是对朝鲜的试探，但也表明当时明廷高层已经有了“捣巢日本”的想法。这才试探性地提出让暹罗（泰国）、琉球（冲绳县）等藩属国出兵帮朝鲜抗日。
只可惜，朝鲜人以“不习下洋”为由，婉拒了万历帝敕令，而这也为后来明廷怀疑朝鲜勾结日本埋下了伏笔。“不习下洋”即不熟悉东南亚等明朝藩属国之国情，担心对方实力不够强而灭不了倭寇而反受其咎。
由此可知，在万历十九年，“援朝抗日”战争爆发的前夕，明朝方面已经有了“东征日本”的基本构想，而这个构想的特点在于以藩属国的军队为征讨东洋日本的主力。这一特点在后面的征讨方略中也得到延续。
但总的来说，这只是一个构想，仅仅停留在提出阶段，未能得到实施，因为在这一阶段，明廷的主要重心仍然是加强军备，防备日本“狂人”（丰臣秀吉）的大军可能会放弃朝鲜，转而入侵自己的东南沿海。
然而，随着战争的开始，这个险些胎死腹中的构想又被抬出来讨论。万历二十年（西元1592年），太仆寺少卿张文熙提出“征倭捣巢”之策。这一策略的核心是以浙、直、闽、粤四省各出兵一万五千人，合兵六万，泛海登陆日本本土，一战解决倭患问题。其中的“直”即“直隶南京”，也驻扎了不少明朝的精锐部队。
这一策略在提出后当即受到了朝野关注，并被抬到了朝议中讨论。其中较有价值的评论，当属南京“刑科给事中”徐桓所作的《征倭当急捣巢非计乞详审以收胜算疏》，《疏》中认为张文熙的策略是良策，但难以施行，因日本与中国隔着茫茫大海，道路不通。最终，此策略没能通过朝议，张文熙本人也调任南京。