由于ZTI的加入，佣兵们与生化幽灵的对决中慢慢占据了上风，并且压制住生化幽灵。
生化幽灵也在一步步的进化，终结者再一次发生了巨大的变革，在幽灵猎手的压力下，失去了原有的核能护盾，取而代之的是利用核能与生化病毒凝聚一枚能量弹，发射到人群之中。
全新的终结者浑身缠绕着核能与生化病毒融合后的产物，就像深渊之火，佣兵们便称呼它为——深渊终结者！
而ZTI也成功破解了部分生化病毒的构造，并加以应对，以空投的方式投送给在前线奋战的幽灵猎手。
而这些幽灵猎手得到了新武器之后，有了一击秒杀普通生化幽灵的能力，并且二次纳米强化之后，免疫了深渊终结者的感染，双方的大战再次拉开了序幕。
而生化战争大胜之后，联合政府以ZTI拥有大规模杀伤性武器为借口，对ZTI展开了围剿，先是剿灭了一个潜伏者的营地，后来又毁灭了绝命之谷与瓦尔基里的生化研究基地。
ZTI向潜伏者求助却被潜伏者抛弃，无奈之下，只能把所有没有完成的纳米尖兵产物扔在了一个遗迹内。
只带着纳米尖兵技术和科研人员离开。
但是联合政府依旧不依不饶，派出精英小队GRX围剿ZTI的残存势力。
数年之后，ZTI正式更名为Blitz！并且将自己研发的新型生化武器扔到了一个美丽的国际性水上都市——水之城。
并且嫁祸给潜伏者。
另外一边，被遗弃在遗迹中的未完成的纳米尖兵，发生了二次变异，进化出了全新的装甲终结者，能够打烂城墙，逃离遗迹，并且入侵到了一个保卫者的要塞之中。
一个纳米尖兵仅存的记忆是自己的家人被生化幽灵残忍的杀害，为了复仇，加入ZTI的强化人计划，但是成为了一个失败品被抛弃在遗迹中。