“好了，今天的事情就先到此为止吧，后续老夫会派人协助你建筑新的实验室。”团藏主动出言打断了大蛇丸对魂叶的试探，不管怎样，团藏对于自己施展在魂叶身上的封印还是十分放心，暂时不会担心魂叶的忠诚问题。
说完这些，团藏就带着魂叶和暗直接离去，只留下大蛇丸一个人继续留在实验室，眼神闪烁不定的陷入了沉思。
接下来的日子中，团藏开始指挥根组织全力给大蛇丸建设的新的实验室，不过对外他只是宣称是建设根的基地，所以其他人暂时都不知道他已经与大蛇丸达成了合作关系。
而为了替大蛇丸寻觅实验素材，魂叶等在根组织负责当打手身份的人员，都被派出去收集素材，而这所谓的素材，其实更多是一些活人。
要收集这些活人的渠道有很多，可以从邻国抓捕一些忍者，或者从火之国境内的土匪窝中抓捕所有土匪，而这些素材中，团藏最在意的确实那些不到五六岁的幼童。
这些幼童有些即听话又有资质的被团藏挑选出来进行培训，作为以后根组织的爪牙，但大部分的却被团藏留下来做为了大蛇丸的实验体，而这项实验就是柱间细胞的移植实验。
就在根组织与大蛇丸在木叶地下进行着惨无人道的实验的时候，木叶村中却是喜事连连，先是朔茂与迈特戴接连生了儿子，而他们的儿子自然就是日后大名鼎鼎的拷贝忍者卡卡西，与凯皇迈特凯。
只不过美中不足的是朔茂的妻子生下卡卡西后，就因为难产大出血去世了，于是卡卡西刚一出生就失去了母亲。
而他们生了儿子后又过了不久，朔茂就在雨之国的战场上遭遇了幸吾夫妇，也就是蝎的父母，最终两人还是逃脱不了宿命，死在了朔茂的手中，而朔茂也凭借这场战斗成功打响了名号，木叶白牙的名号开始渐渐传开，成为了战场上令敌人闻风丧胆的存在。
雨忍村的半藏见到雨忍村的坚持不但没有给木叶带来任何麻烦，还成就了木叶中越来越多的天才，无奈之下，他终于答应了木叶的和谈，于是雨忍村与木叶的战争在历经了两年的时间后，终于彻底结束。
似乎受到木叶与雨忍村战争结束的影响，雷之国与土之国的战争在持续了两年后，也终于以两败俱伤收场。
于是这场涉及到五大国与雨之国的第二次忍界大战，就这么以所有国家都互有损失的结果落下了帷幕。
在第二次忍界大战中，雨之国可谓损失最惨重，国家基本处于被摧毁的状态，就算木叶的部队撤走了，但雨之国中依然有着各方势力进行着混乱的厮杀，最终受苦的只有那些贫苦的百姓。
不少的百姓都在战斗中失去家园，流离失所，甚至被活活饿死。
至于五大国虽然国土都没有变化，但却都损失了很大一部分兵力，而水之国虽然一直没有进行大规模的战争，但派入火之国境内的暗部部队却基本死伤殆尽，除此之外，他们还丢失了两把重要的忍刀。
不过各个国家在这场战争中损失惨重的同时，也得到了很多意外的收获，因为在这场战争中，很多年轻一代经过了战火的淬炼后，已经逐渐成熟，并渐渐成为各自村子中的中坚力量，其中以火之国最为明显。
火之国木叶村前有魂叶大战半神半藏，几乎是一夜成名，后有三忍再次借着半藏成名，而在二战的后期，朔茂的木叶白牙名号也逐渐显现，成为了令敌人闻风丧胆的人物。
与火之国状况相反的则是风之国，他们在这次的战场上虽然部队损失不大，但好不容易培养出来的三个年轻精英，却一下损失了两个，最终只留下伊铁这个独苗，导致风之国青黄不接，二战过后国力开始越来越弱。