只是淮军并未改变勇营旧制，因而体制本身存在种种矛盾和弊端！例如，营以上部队指挥困难，统领与统领之间不分伯仲；淮军延聘西洋军官仅用于平时教练，战时调度仍由将弁指挥。淮军的统领、营官、哨官都未曾习练西法，作战时由他们妄行调度，致使军队平日所学全归无用。
这一点，在淮军后期的作战中表现得淋漓尽致！比如，基隆之战，明明铭军在首领，tái • wān巡抚刘铭传的带领下，打得侵台法军大败亏输，但法国人作为列强，在战场上获得不到的胜利，竟然通过和谈达到了，由于淮军首领李鸿章的软弱与清廷的腐败，清法在一八八五年六月九日，签订
了丧权辱国的《中法合订越南条约》，致使中国的传统藩属国彻底沦为了法国的殖民地，致使数千铭军将士的鲜血白白洒在了宝岛的每一寸土地上！
黄海大海战，如果说基隆之战还不能很清晰的凸显淮军内部的种种矛盾和弊端，那么发生在光绪二十年的黄海大海战就将淮军伪近代军队的外皮给扒了个一干二净！
先是海军方面，李鸿章任命陆军将领丁汝昌担任北洋水师提督，而科班出身的刘步蟾，林泰曾，叶祖圭等人却只能以总兵头衔管带一艘铁甲舰，无法真正有效统领整支北洋水师！什么叫外行指挥内行，这就叫外行指挥内行！
再说刘步蟾，这厮虽然留过学，喝过洋墨水，但却为人古板狂傲，在香港时仅仅为了区区旗帜问题，就与英国总教习琅威理发生了严重的冲突，致使大量外籍教习随后者撤离北洋水师，而后北洋舰队训练松弛，军纪每况愈下，也有他不可推辞的责任！说到底，以直隶总督兼北洋大臣李鸿章为首的淮人军功集团，从来相信的只有他们自己人，外国教官再怎么治军严谨，办事勤勉也不过是个局外人，他们可不管你有没有职业操守，一旦冲突起来，偏帮的还是他们自己人！