此战之中，县衙被水匪攻破，十名自卫队员里面有两人受伤，一名队员在屋顶作战时被射中了一箭，大腿被she个对穿。另一个伤员是第一次杀出去与西墙外水匪近战时受伤的，右胸正面被刺了一刀，肺叶被刺穿，形成了开放性气胸，若不是按照章泽天制定的规范及时堵住伤口包扎的话，此时恐怕已经死了。即使暂时抢回来半条命，也还要看他能否有运气扛过感染这一关，生死仍未能确定。
除了自卫队员之外，临时持长枪上阵的前衙役之中有两人当场战死，六人受伤。宝应本地的八名衙役因为跑得快，倒没有受伤。
新组建的民团二十个人与水匪列阵对抗，死伤更是惨重。包括被班长刺杀的那个逃跑的团丁在内，共有六人阵亡，其他人多数带伤。
此战直接歼灭参与进攻的水匪精锐近五十人，抓获带伤俘虏六人，只有十几个水匪逃跑了。
直观看来，县衙是获得了一次漂亮的完胜，双方的伤亡比例同样完美，但是章维对此却不太满意。如果他的战前准备再充分一点，或者能够提前动手抓捕潜入城中的水匪的话，手下人的伤亡就可以避免大半了。
章维没有给逃跑的水匪喘息的机会，天亮之前就召集全体衙役在全城范围内展开大搜捕，城外的四个班的民团也被调回城里协助搜捕，城门为此关闭了整整两天。
宝应县城不大，两天时间足够把城里翻了个底朝天。在这次搜捕中，没有当场抓住的十二名水匪悉数被擒，另外还有几个倒霉的江洋大盗被意外抓获，没有路引身份不明的可疑人员更是被抓了二十多人，连说不清楚身份的乞丐也被抓捕一空，城里的环境为之一清。
借此机会，章维再次招新，将民团总数扩大到二百人。
那些来自即墨县衙的原衙役们，在战斗中的战力虽差，却因为这次战斗与章家实实在在地拉近了距离。战死的人被追任为互助会会员，享受烈士待遇，活下来的也同样加入了互助会，并因为这次战斗得到了或多或少的奖励，对章家的认同感直线上升，成为了真正的自己人。
民团的表现有些良莠不齐，多数人战斗顽强，战果显著，给后来的新团丁树立了不错的榜样。因为临阵脱逃被当场处死的那个也没有被过分追究，与其他战死的同伴一样得到了丰厚的抚恤。
在这一仗的指挥之中，几个优秀的自卫队员和团丁得到了提拔，其中就包括指挥县衙防守作战的胡作兴，指挥城外民团作战的代理排长，自卫队战士翁二赖，指挥码头战斗的排长侯成，还有城里民团的代理班长，当地人富绍华等。
按照自卫队的习惯，战斗之后组织了总结会，民团也仿照自卫队朝廷了总结，评出了立功队员报青岛总部审批，同时将总结出来的经验教训落实到今后的训练和作战之中。
这次面对水匪进攻的战斗，章维取得了全面的胜利，他的心中却仍旧不爽，自卫队的指挥员侯成也不爽，依章泽天指挥作战的性子，面对敌人时不能一味被动挨打，总要杀到水匪的老巢之中去，把敢于伸手的敌人消灭掉才行。
只是章维和侯成手中的兵力实在太少，根本无力外出作战，也只能作罢。
章维面对的麻烦还不止这些，被俘虏的一百多名水匪，以及被击毙的一百多名水匪都要处理。这些水匪在当地百姓之中的名声并不像其他地方的山匪海盗那么差，处理起来便有一些不方便。如果全部杀掉，或者交给上级报功的话，就有些浪费了。可是如果像青岛那边那样看押起来的话，宝应这边又不具备那样的条件。
侯成提出将这些人押回山东去，章泽天那里正缺少人力，这些身强力壮的水匪都是好劳力，正好可以交给章泽天用。
只是目前第一批运粮回山东的船队尚未返回，他们再也分不出人手来押送这些水匪俘虏了。
无奈之下，侯成只好在南岗张兴霸的庄子里面开辟出一片地方，建成了一个战俘营，将这些水匪先关押起来，进行初步的训练，找些活计让这些人做着，以防他们有闲心闹事。
经过初步甄别审讯之后，侯成发现这些水匪多数都是船工或渔民出身，操船之类的工作做得最为纯熟，干起农活或土建之类的事情却笨拙无比。进一步审问之后，他发现这些人里面竟然有两个不错的船匠，修船造船的本领相当不错，至少俘虏们都是这么说的。
这次俘获的水匪开来的船只数量不少，其中有一些已经在战斗中被损坏，正好需要修理。侯成便把这些坏船都开过来，让两个船匠带着水匪们修理，倒也算是人尽其才了。
章维那边清查皇粮之事的报告还没有弄妥当，又出了水匪攻打县衙之事，被各种文书工作弄得焦头烂额。他与几位师爷，以及书吏们关在县衙的书房之中商量了几天，将这两次大事件的成果缩减了又缩减，最后编纂出来两份报告，递交到了淮安知府连祥的案头。
在这两份报告之中，查获的粮食总数被减少到了十一万石，银子更是一两没有。而战斗中击毙的水匪变成了三十多人，俘虏到的活口也只有闭城搜捕到的那些零散强人和盗贼，青云寨的水匪俘虏被全部隐瞒了下来。
章维也是没办法，他总不能把自卫队的战力直接展示到朝廷面前，否则章家在山东面临的就会是官军的围剿了。所以更多的功劳都被推到了建立不久的民团身上，他为了建设民团已经花费了近万两银子，又为民团保留了万多两银子的经费便也是顺理成章之事。
被章维隐瞒下来的水匪俘虏们不会浪费，将来都要运回青岛去进行“劳改”，充当一阵子免费劳动力，同时培训他们对章家庄的归属感，争取将他们培养成自己人。
那些被当场击毙的水匪同样没有被浪费，章维找人联系了驻扎在洪泽湖边的一位大文水师的张姓千户，将那些被俘虏认过的水匪尸首都卖给了那位张将军。