就在孔有德与努力安抚手下众人之时，开始时说要代他去赔罪的千户突然纵马而出，高声说道：“孔大哥不可亲自冒险，那王家态度如何，待小弟先去试探一番。”不待孔有德回话，已经带着他手下的几十名亲兵扬长而去。
孔有德待要阻拦时，手下一干将领却都劝他，大意都是不肯让他亲自冒险，那千户却早已去得远了。
不久之后，只见远方那王家庄院方向有浓烟升起，又有火铳打放之声，孔有德心道不好，率领部下赶到近前看时，只见那千户已经从庄中出来，头脸衣甲上满是喷溅的血迹。
见了孔有德，那千户丢了手中的长刀，下马跪在孔有德马前，说道：“那王家丝毫不肯松口，他既然不给我们留活路，弟兄们一怒之下杀进了他们的庄子，将王家人杀了个干净。只是可惜王象春那老儿不在庄中，却是去了吴桥县城。事情已经做下，小弟甘受孔大哥处置。”
孔有德在马上良久不语，最后说道：“既然事情已经到了这个地步，我等还能如何？便反了吧。我们这一千四百辽东铁骑，这大文朝的军队又有哪支能奈何我等？现在咱们商议一下，下一步该当如何。”
当即分派人手，先将王家庄中的粮草银两取出，众军饱餐之后回师山东，与落在后面的辎重汇合，直扑济南。
女真南侵，并未进入山东便已经在河北一带抢得盆满钵满，回师北返，那正是孔有德部到达吴桥之前的事情。
孔有德造反时，山东各地尚未接到后金撤兵的消息，仍然处于戒备之中，是以从德州到济南一路上沿途州县并未被孔有德部攻破。当然也与孔有德急于突袭济南，没有集中力量攻城有关。
孔有德原也没有打算在这些县城上浪费兵力，只是将沿途的村寨一扫而空，取了粮食金银牲畜等物，然后逼迫村中青壮帮他们运输抢掠到的物资。
一路上也有一些卫所，却根本没有人能抵挡叛军哪怕一天，卫所的指挥使，以及千户百户军官被叛军一扫而空，那些平日被军官奴役的军户们纷纷加入叛军队伍，等叛军到达济南城外时，已经从开始时的1400人扩张到近万人，声势大振。
山东总兵朱大典听说过辽东铁骑的威名，不敢出战，只是下令紧闭四门，只求与叛军对耗，等待援军。
济南城高大坚固，孔有德尝试几次攻城不利之后，也不敢在城下多做盘桓。济南是沟通南北的要冲，又紧贴华北平原，一旦朝廷援军到来将他们围住，辽东铁骑即使战力再强，也不过一千余人，其他乌合之众根本不能指望，到时就是死局。
是以叛军试攻济南不下之后，便一路东进，进攻青州、莱州。他的战术意图极为清晰，就是要拿下莱州和登州，借助半岛东部多山的地形据守，与朝廷周旋，争取割据山东半岛，或者等官府久攻不下之后招安。
至于登州那些与辽东兵不合的山东兵，孔有德并没有放在眼中。孙元化编练的新军军官多有辽人，他们造反之后，那些辽人军官已经无法独善其身，否则朝廷平叛之后必然清算这些辽人。
孔有德在决定造反之后已经在第一时间派人联络登州军中的辽人起事，同时派出小股精锐突袭沿途驿站，shā • rén夺马，阻止他们造反的消息向登州方向传播，避免孙元化得知消息后有所准备。
叛军快马东进，青州被他们成功突袭破城，成为叛军攻陷的第一座城池。只是叛军并未在青州久留，将城内物资掠夺一空后便弃城而走。
就在青州被攻破之后，孔有德叛乱的消息终于传向山东其他州县，等叛军来到潍县的时候，潍县县城已经戒备森严。
冯闯县令在潍县声望极高，仅仅两天时间，就将城外较大的村寨人员物资都撤入县城之中，并由手持长枪的民壮上城值守。教谕龚其贤受章泽天影响，平时教授学生队列刺枪和弓箭之术，此时城上的弓箭手竟然不弱于边境强军。
叛军见潍县城墙较低，连续攻城两天，在城外丢下遍地尸首，竟然连一次都没有攻到城上，只好放弃潍县，扑向莱州。
就在叛军围攻潍县不成的时候，登州新军主将耿仲明已经接到孔有德传信，在孙元化召集众将议事时发动兵变，将一众将官一网打尽。
孙元化平时对这些辽东军还是不错，他看中这些人有面对女真人的实战经验，对他们一直比较信重，平时的饷银待遇也不差，所以被擒之后并未受到苛待，只是被关在巡抚衙门的一座小院之中，由叛军在四周看守。孙家原本负责照顾孙元化的那些婢仆仍旧被派过来照顾他，饮食等事也未受限制，只是不让他随便见人而已。
孙元化在东三府的威望够高，因此以耿仲明为首的叛军将领在他被抓之后轮番前来劝降，想要让他做叛军的首领，都被孙元化一一拒绝了。
至于同时被抓的山东本地将领就没有那么好运了。这些人平时对辽东兵之间的积怨很深，被抓之后当天就被一一拉出来杀掉泄愤。
只一天时间，登州叛军就完全控制了登州城，城内水军三千余人，火器新军不到两千人都掌握在耿仲明手中。同时，城内尚有山东兵三千多人，由于将官被杀，群龙无首之下被全部缴械，由辽东将领张焘带一千新军押送着去进攻附近州县，黄县、龙口望风而降。
叛军则继续西进，与孔有德率领的西路叛军同时抵达莱州城下。
那莱州知府王念祖已经提前得知辽东兵叛乱之事，他无他法可想只是趁叛军围困潍县的时候收拢周边乡民和粮草物资，打造守城器具，等叛军兵锋到来时闭门死守。
王念祖本指望叛军久攻不下便会像在潍县时那样放弃攻城，只是没想到东西两路叛军会师之后，便将莱州城围得像铁桶也似，每天逼迫山东兵和抓捕来的附近百姓不断攻城。这一番攻城战一下子便持续了近两个月时间。