以下是“圣父”的命令：
有一些合成人失去了控制，他们正破坏着联邦的安宁，分裂着学院和废土，进一步污染人类的纯洁。
猎杀你们在废土找到的每一个非学院合成人，将他们的身体和技术完整的带回学院。
与他们相处的部分人类，不明白事件的真相，应该予以净化！
“你获得了学院主线任务【回收】！你获得了主要支线任务【净化】！”
任务奖励：
每将一具合成人尸体带回学院（联邦理工学院，学院阵营基地）你就能获得独特的100点阵营积分，并额外获得1点击杀数！
高级合成人能提供更多积分和击杀，具体数值根据完整程度计算！
击杀每一个你所见到了铁路，兄弟会敌人，普通居民或义勇军成员，会显示相应的腐化（辐射、敌意）数值。（前面的基础规则）
由于密涅瓦的存在，你发现了深藏于你合成人数据中的隐藏命令！
圣父：“学院董事会中有人背叛的我们崇高的事业，找到他背叛的证据，带回来！”
......
实际上，圣父的命令是有些奇怪的。
这里需要先提一脚废土世界学院的背景。
沈辰清楚，他前世游戏主角的儿子——尚恩，便是向他们这些发布命令的“圣父”。