人类古代文明，也长期权力机关和行政机关不分开，这样的体制更适合早期文明的实际情况。
但主角还是计划建立了几个专业机构，负责管理越来越复杂的经济社会活动。
事实上，主角以前在[东杨城]就分工建立了常备军、建筑队、农业队、征粮队、杂役队的编制，但这种行政架构还非常原始，也远不能有效管理越来越先进的生产方式。
这一次，主角决定根据目前的发展水平，建立几个专业机构，各司其职。
在主巢，神使王军团将设军事部、财务部、蚁口部、农业部、工业部、科研部、工程部、交通部、外交贸易部、教育部十个部。
其中军事部负责配合神使王指挥和协调军队的行动，也负责军事后勤等相关事宜，下辖参谋处、后勤处、征兵处、训练处、驭兽处、军工处。目前部长由锹象兼任。
参谋处计划由因老病伤残而退役的军官组成，让他们发挥余热，也协助主角决策军事行动。日后，也将考虑专门开设学校培训专门的参谋型蚂蚁。
后勤处负责军队后勤物资的筹集、运输和供应，有专门的军事运输队，与交通部的民用运输队分设。
征兵处负责根据常备军团的缺额及时补充兵力，也负责组建新部队。
训练处负责军队的日常训练。原先日常训练是由各军团自行组织，现在将训练权剥离出来，这样更加专业，也削弱军团长对军队的全方面掌控。
驭兽处负责苍蝇、甲虫等驭兽的驯化、饲养，这一类军事用途的驭兽的养殖场从农业部的养殖场里分离出来。
军工处负责军队相关的工业生产，因为炼铁高炉等作坊都归工业部管理，所以这个处目前主要起到协调的作用。但日后随着生产力发展起来，将会有专门的军工厂和军事科研团队归其管理。