第一次清洗只是粗略地抓捕头目,现在这一次清洗则是彻彻底底要将征服地区洗刷成君主心中的模样。因此这场大清洗可以说是对整个巴尔干半岛的政治经济体制的巨大转变,但是得益于行政部门的高效工作,混乱并没有蔓延太广，针对行政体系的大清洗并未波及太多下层平民。现有通过民主投票选出的政客只要没有触犯原则性底线就大多得以保存，毕竟这些政客的作用就是坐在那个位置上听从拉托维尼亚的命令，为培养属于拉托维尼亚的当地人高层官员争取时间时间。有些工人惊讶地发现自己工作的公司在停业几天、换上了新的名字之后就重新开工，公司从上层到中层的所有管理人员全都换了个遍，所有工人过去的合同全都作废，一份更加有保障的合同被发到了他们的手里，也有许多原本因为担心自己失业的工人也在看到企业重新开业之后放弃了反抗，选择重新开始生产工作。
大清洗的第二目标就是军队。
巴尔干半岛这些国家的军队的战斗力非常糟糕，不仅缺乏训练，而且缺乏对先进武器设备的操作经验。北约的军事教官教授的战术条例依照的全都是美军在中东和阿富汗打治安战总结出来的经验与战术，在不拥有美军的绝对制空权的情况下，这种治安战战术并不适用现在的情况。但这并不是大问题，拉托维尼亚的战术操典能够很好的解决问题，真正的问题是常年来巴尔干半岛的军队十分依赖北约的军事援助，在于欧美军队常年接触中导致军队贪污腐败极度严重，军纪极度涣散,部分高层军官更是成为了拿着好几份津贴、依靠贩卖情报赚钱的间谍。
由于军队内部的事务不会影响到平民，因此当拉托维尼亚接手军队之后第一时间就开启了极为严厉的清洗。几乎所有高层军官都遭受堪比中情局手段的极端审问，大量中下层军官被新成立的军事法庭审判然后送进监狱，只有少部分被证明独善其身的好人才能够幸免于难并且被提拔，就连许多低级士兵都在经历问询之后被责令接受惩罚。身穿黑色大衣、头戴镶嵌着黄铜鹰徽的大檐帽的政委在宣读了军事法庭的审判结果之后，就在亲卫队的帮助下亲手处决了被判处死刑的军官。对军队清洗的第一天就有接近两百人被处决，而观看行刑的士兵中有不少人都认得被处决的军官。
几乎所有被派去接受军队的政委都有过这样的工作经历，这些就军纪官的工作不仅仅是在军队内推行《统一真理》，更是要负责整顿军队的腐败问题、整肃军纪、监督训练、打造一支有信念的军队。这是一项非常非常困难的工作，因此所有政委都能获得来自姐妹会和基因改造战士的帮助，军纪部门的索菲亚政委全权负责这一工作，她的手下是来自雪国失落之城的族人。只有得到军纪部门的同意，那些军队才有资格换装新装备，否则就将成为某种意义上的惩戒营，他们最后的价值只会剩下用生命为统一事业做出奉献，又或者因为兵变被基因改造战士和姐妹会用绝对的暴力消灭。
除此之外还有派遣暗杀者对国际货币基金组织决策者的暗杀威胁、冒名顶替，对主流媒体及其幕后投资者的彻底替换等等清洗在进行，但在前两项清洗完成以前，刚刚统合半个巴尔干半岛的拉托维尼亚仍旧依靠着君主的个人战斗能力、斩首打击、太空军事力量强撑。虽然仅仅是君主一个人就能让对拉托维尼亚虎视眈眈的西方国家望而却步，但维克多·冯·杜姆却没有忘记拉托维尼亚建立的初衷，振兴工业化的脚步刻不容缓，并且不能遭遇到任何阻碍，因此他打算在完成改革之前多让自己的上司露面，提高威慑能力，为拉托维尼亚争取时间。