而故事自然与寻找长生有关，在江湖之间，有三个门派，直接是为了寻找长生秘密而成立的，而故事的主人公，只是个布衣出身的少年，这少年叫做令小郎，十四岁时死了亲人，无奈之下，只得投奔远在拔杨城的表舅，到了拔杨城结果阴差阳错地进了一家研习医术的门派，巧的是这一派正是那三个为了寻找长生的门派之一，只是表面上打着行医的幌子而已，但这个“香草门”的医术的确有名，救了不少百姓。
令小郎将错就错，拜入了门派之中，成了个学徒，没想到令小郎天资卓越，竟是个识药学医的天才，立即就被门主选成了徒弟，而令小郎也因此与门主的三女儿柳盈盈结缘，五年之后，令小郎学有大成，不仅可以独当一面，还在观药方面超过了门主，而令小郎也与柳盈盈如胶似漆，早已私定终身了。
这时，江湖上一个惊天大秘密被揭示，长生药出现在辟幽谷间。消息刚出，官府虽防护及时，但还是有一批批江湖之人闯入辟幽谷，拔了不少药草。后来，所有进入辟幽谷的人全部秘密被杀，有人断定这是一直隐藏着的三大门派的手笔，因为三大门派所服务的不是自己，而是某些位高权重之人，他们只是权力者的棋子罢了，所以一些肮脏行动能得到官府的支持。
令小郎发现，门主几乎天天出门，每次回来都是一脸愁容，别人问他什么也都不说，三个月后，辟幽谷的大门打开了，人们再去看时，谷内已经没有一丝绿色，所有药草全部被拔光，甚至连泥壤都少了一层，到处都是坑坑洼洼的洞，简直不堪入目。
令小郎和柳盈盈一起去看了一次，回来后柳盈盈对门主父亲抱怨说什么都没有了，长生药被夺走了。门主听后不慎说漏了嘴，道出根本没有长生药，引得令小郎和柳盈盈怀疑。半个月后，又有长生药的消息传出来，地点换成了别处，几乎和辟幽谷一样的处理方式，但令小郎偷偷跟着门主，发觉他竟然可以进入被官府封了的禁地之中，长生药的消息在一处落，又会在另一处起，好似药长着双脚，可以随处跑动。
一年后，令小郎完全出师，门主却将其留住了，门主将他叫进了一处从未有旁人知晓的密室，给他看了一样东西，那只是株普普通通的猪尾草，但是中段却多了一个凹痕，令小郎问是什么，门主直接坦白，那是长生药的脚印，令小郎惊呼那东西真的长了脚，师傅你果然跟官府有联系。
门主便直截了当的表明了自己的身份，香草门就是追寻长生的三大门派之一，而幕后之人是个谁都惹不起的大人物，至于是谁，没有告知。门主也对自己暗杀多人的往事供认不讳，令小郎一下子难以接受，师傅一边救人，一边shā • rén，但门主解释这一切都是无可奈何，背后的人物根本无法忤逆。
门主是想让令小郎继承自己的位置，代替他继续帮大人物寻找长生药，他的鼻子不中用了，而令小郎以门主所见将会是未来最好的医者，对药草的观察运用比门主要强太多，所以门主才会有这些想法。
令小郎没有丝毫犹豫直接回绝，转身出去后，整理行装要带柳盈盈离家，谁料柳盈盈突然抱病在床，令小郎去看了，结果不知病因，匆忙叫来门主，门主也一头雾水，和令小郎想尽一切法子，都没有治好柳盈盈的病。
令小郎带着柳盈盈寻医问药，整整五年，五年内二人的感情已坚如磐石，令小郎的内心对爱侣的逝去感到无比恐惧，只要能救下爱妻，什么方法都能够尝试，可是世间一切方法真的都尝试过了，柳盈盈已至死期。绝望之下，门主找到令小郎，告诉他长生药再次出现，这可能是唯一能够救下柳盈盈的法子，因此，令小郎毅然决然地继承了门主的帮主之位，一心去找长生药，但从不接受暗杀任务，永远保持着一颗慈悲之心。
长生药是活物，活的一种草，这是所有目击证人的供词，当然，只有官府内部才知晓，令小郎不愧是医药天才，他靠着各种药草上的脚印，摸透了长生药身上的气味和其行动规律，还真估算对了长生药会出现的下一地点，但总会慢上一步，而且这药似乎极有灵性，只要有人找它，所以常常消失一阵，或者隐藏在某地。