跟王远方谈完后，赵新随即命令参谋部的一半人员马上收拾行装，最迟后天出发北上，务必在六月上旬抵达伊尔库茨克。
随着北海军参谋部一道道命令的发出，整个北海镇各地的水路运输开始变得愈发繁忙。除了二团和三团，由仙台藩和长州藩组成的青叶营和萩营、以及阿伊努营也在五天后陆续北上。
黑龙江、乌苏里江的日常客货船运全都暂时中断，两百多条内河机帆船满载着士兵和物资向黑龙江上游进发。不管是北海镇的居民、沿江的各族边民、亦或是满清派出的密探,所有人都意识到北海军在黑龙江上游要有大动作。
坐镇吉林乌拉的福康安在接到密探发来的消息后，一边向京城发出奏折；同时又命人携书信前往库伦，提醒库伦办事大臣松筠和定边左副将军恒瑞，让他们注意近期北海军和沙俄的动向。
1790年5月底，回到北海镇的陈青松跟赵新提出，考虑到宁古塔、珲春、三姓、伯力的发展建设，他打算将民政的总部搬到富尔丹城。赵新经过短暂考虑，随即同意了陈青松的请求。
民政总部搬家是件挺啰嗦的事，赵新也不插手,他和陈青松、于德利、王远方、洪涛等人开了一次会，对离开期间的事务做了一番安排后，便着手动身北上。
1790年6月初，赵新带着副官徐寿南和警卫营从北海镇出发，用了四天时间抵达伯力。他要在这里做短暂停留，视察铁路项目的基础施工进展。
经过连续两年的移民和大规模投入，如今的伯力已经成为外东北最大的商品交易中心。大量的皮货、鱼肉制品从黑龙江和乌苏里江下游运抵这里，然后又变成粮食、布匹、食盐等各类生活物资，极大的加强了北海镇和外东北各部族村镇之间的联系。
同时因为大批新移民的到来，伯力镇周边已经出现了十几个村落。更加耐寒的黑麦逐渐取代了过去边民种植的粟米，成为外东北居民的主粮。而甜菜种植和畜牧业的发展，也使打猎捕鱼不再是获得肉类蛋白质的唯一渠道。
从1789年6月开始，林子平带领的测绘队开始了从伯力到黑龙江城铁路的沿线勘测工作。到了去年8月，随着高桥义时、浅田五龙、司马江汉、麻田刚立等岛国兰学者的陆续抵达,北海镇的铁路勘测工作逐步加快。
截止1790年5月中旬，八百公里铁道线路的勘测已经完成了进度的四分之三。在此期间,大批通过幕府“北海奉行”输送到北海镇的岛国劳工,也被陆续送到了黑龙江城和伯力。
本年4月，整条铁路线的基础施工从线路两段同时进行。之所以这么早就开始，主要还是因为南乌苏里的气候条件。
根据民政部门以往的观测数据，每年夏天的七、八两个月，会有10~12次强降雨，降雨量占全年总量的近90%。面对这样的集中降雨，首先要做的就是道路沿线的水利工程。来自岛国的民工们在民政水利技术人员的指挥下，在铁路沿线砍伐森林，挖掘出上百公里的引水渠和储水点。当雨季来临时，便可通过引水渠排入农田或是黑龙江里。
另外位于西段的黑龙江城施工地带，由于沼泽纵横，还需要经过排水、深挖、填充后再进行路面施工。
施工过程中面临的最大难题莫过于中段的施工，因为要在山地修建，因此施工将在路基较高和沟壑较深的地段进行，甚至还要在悬崖进行大规模施工。
炸山之后的石料运出，以及建筑材料的运入也是个大问题。为此，岛国工人还必须提前在铁路沿线修筑一条将近一千公里长的道路，将铁路线中段炸山之后的碎石运送到各个工地。
铁路沿线的桥梁设计由葡萄牙人佩雷拉负责,在伯力镇的钢铁厂建成投产以前，所有的桥梁构件都需要在北海镇提前制作,然后通过陆路转水路再转陆路运送到施工地点。另外，在伯力镇的对岸还设立了一家锯木厂，将砍伐下的原木加工成板材后，再通过陆路运输到施工地。