而两汉护羌校尉府经历五次迁徙，先后迁至狄道、安夷、临羌、张掖、令居等五座县城。
经现在考证，狄道即今甘肃临洮县城，安夷即今青海平安县城，临羌即今青海湟中县多巴村破塌古城，张掖即今武威市凉州区团庄营古城，令居即今甘肃永登县中堡镇。
主西羌，持节监领护西羌，始设时有临时差遣的性质，后演变为河西地区的正式官制，“转湟中屯田，置两河间。”
职如西域都护、护乌桓校尉“可安辑，安辑之；可击，击之”。
护羌校尉的设置，主要是为了镇压羌人部落叛乱，隔绝西羌与匈奴的交通，但是在历任护羌校尉的主持下，沿河两岸，广置屯田，修治沟渠，种植五谷，发展畜牧，对西北地区的开发起到了相当积极的作用。
汉武帝元鼎六年（前111），以西羌联合匈奴，围攻抱罕（今甘肃临夏东北），使李息、徐自为率兵击破西羌。
乃置护羌校尉，掌西羌事务，秩比二千石，治护羌城。
王莽时，罢官不置，以河西置雍州。
东汉光武帝建武年间，在班彪的建议下，重置护羌校尉，治于凉州令居县。
晋惠帝元康中，改为凉州刺史。
护羌校尉属官有长史、司马二人，皆秩六百石。
又有护羌从事，多以边郡太守、都尉转任。
除监护内附羌人各部落外，亦常将羌兵协同作战，戍卫边塞。魏、晋及北魏沿置。
后凉、西凉、北凉亦置。
南朝齐、梁时授吐谷浑王此职。
据《续汉书·百官志五》记载：“主西羌”。
《后汉书·西羌传》班彪提及“持节领护，理其怨结，岁时循行，问所疾苦。
又数遣使驿通动静，使塞外羌夷为吏耳目，州郡因此可得做备。”
这可以说概括了护羌校尉官署组织的职掌，为以往的研究所涉及，但并不完备。
通过对史实的梳理，护羌校尉其具体职掌可以归纳为三方面：