齐三攻占昆山县城后，又强绑大儒顾炎武、归庄等人充入军中，再以这些大儒名义传檄东南，声称即日起各地当废奴，还仆从于自由，如此江南奴才能快速平息，否则精华之地必毁于旦夕。
松江府城也在几天后横生陡变。
苏淞总兵黄蜚原为东江镇总兵黄龙外甥，年少时便随舅舅在辽东对抗清军。后黄龙与后金军在旅顺激战中牺牲，黄蜚便以外甥承袭舅舅，从守备升到都督同知，再至援剿东北水师总兵、提督关辽通津淮海江镇水师便宜行事。
清军攻破北京后，黄蜚领残兵以海船南下，被弘光朝任为吴淞总兵。早在白头军自崇明内犯时，黄蜚便领兵拒敌，奈何不敌无奈逃往浙江。后兵部遣人问罪，黄蜚迫于压力不得不率部回到松江。
然而这位黄总兵不思杀贼报效朝廷，反在嘉定、昆山相继被奴军贼兵占领后，竟带部下在松江城中发难，软禁了松江知府徐汧、吏部考功司主事夏允彝等人。
松江府城的沦陷使得松江府属各县士绅顿时惶恐，逃的逃，跑的跑，很快上海、华亭二县便被义师占领。
苏州那边，太湖鱼民赤脚张三聚众造反后曾经围攻过苏州城，然而却被城中的明朝副总兵鲁之逊带人击败。
兵败之后的张三带残部逃入太湖，又转而在无锡、金坛等地活动，皆连击败多股明军，更是与其他奴军共同进逼南都，于方山一带大败明朝应天巡抚王永祚指挥的乡兵，声势一时高涨，以致南京那边吓得闭门封城。
不过张三等人也没有真的去攻南京城，而是返回太湖体整数日后大张旗鼓再攻苏州城。
这一次张三的太湖水军展现了比起事之初更强的战斗力，以四百披甲兵猛冲明副总兵鲁之逊的兵马，尔后多方合力将鲁之逊残部围困于泖湖。
张三采纳其部参军蒋国柱的计重，用小船截断泖湖出口，尔后乘风纵火，明军水师船只高大，运转不灵，被烈火一一焚毁。鲁之逊同从嘉定逃出窜至其部的吴淞游击吴志葵都被活捉。
不久后，苏州城内的苏松巡抚祁彪佳便接到以鲁之逊名义发出的檄文，称明朝无道，于江南地区强征暴敛，所得财富一不思北伐驱逐鞑虏，恢复故都；二不用于整兵备战，却大笔大笔的拨于那鞑子阿济格同汉奸吴三桂，以江南人民血汗养此二奸。如此朝廷可谓昏庸无道，故天下有志之士当群起而攻，革新社稷。
江阴方面，原江阴典史阎应元突然袭杀奴军首领徐有量，夺其兵权后派人往城中劝降陈明遇、冯厚墩。陈、冯二公不肯出降，守备顾元泌却被削鼻班重金收买，连夜率部出城。
没了顾元泌部助守，陈明遇、冯厚墩独臂难支，加上阎应元再三保证不犯江阴百姓，迫不得已只好开城投降。
随后，阎应元自封江南提督，号召左近共抗南都。
另有义师吴胜兆部领兵攻入吴江县，杀明知县朱廷佐，树旗响应愿奉阎应元为首。
阎应元据江阴之后，遣兵攻常熟，该县知县陈日升吓的魂不附体，向苏松巡抚祁彪佳求救，祁彪佳遣兵800往援，半道却被吴胜兆部截住，双方在常熟境内的南湖荡、沙家浜一带交战。
苏松巡抚祁彪佳所遣800兵原是北方沦陷后逃至江南的溃兵，这些士兵不习水战，吴胜兆利用此点，事先派部下操舟好手混于民间。