而原称大西军控制区内的缙绅土豪知道张献忠要率主力北上入陕后，好像猫嗅到鱼腥，一个个蠢蠢欲动纠集武装开始反叛大西。
因为张献忠不顾一切要求大西军主力北上抗清，导致不少大西军驻守的地盘因为兵力不足不得不被放弃。
明军瞬间卷土重来，曾英控扼重庆、樊一衡占据泸州、马乾坐镇内江、涂龙屯驻纳溪。另有于大海、杨展、王祥、曹勋等明将也趁势扩展地盘。原本已经归附大西朝的摇黄十三家也见风使舵，反戈一击，接受明朝方面的招抚攻打大西军。
那些被抓到的大西官吏，或在署衙被当场杀死，或被架到火上烤死，或投入水中溺死，或被抽筋剥皮，活活疼死。明军同士绅对待被俘的大西军将士极其残忍，多地发生活埋大西伤兵的事情。
随着张献忠亲自带御营主力离开成都，形势对大西军越发不利。
而大西军内部对出川抗清也有不满者，骁骑营都督刘进忠部下多是四川籍士兵，这些四川兵害怕北上抗清失败，所以有两千多人哗变叛乱。孙可望率军至保宁后准备就此事处置刘进忠，结果刘进忠害怕被孙可望严厉惩罚，索性率所部七千余人南奔投降重庆的明将曾英，不久又率部同土匪摇黄十三家中的袁韬合营，自称新天王。
明军攻击同士绅地主的袭击以及驻守地区的不断丧失，让大西军筹措北上抗清粮草也变得十分困难。
左丞相汪兆麟劝张献忠暂缓出川，等粮草筹集够了再出川不迟。右丞相严锡命则是劝说张献忠在成都附近留一支兵马，确保西京不失。要不然若大军入陕，包括西京在内的地盘恐怕都要被明军重新夺回。
张献忠却是一意孤行，对两个丞相的劝说大为恼火，气道：“从前咱率儿郎们打仗，哪里为粮草发过愁，都是到一地筹一地，到一地食一地，这要是没有粮草就不能打张，你万岁我早死千回百回了！”
严锡命赶紧解释，说如今不同从前，从前大西将士是以走制敌，长于机动，以此拖垮追击和围堵的明军，根本不需要考虑后勤。但现在大西已在川中立国，北上抗清更是师出有名，为国家为民族的大事，当然不能如同从前一样随地取粮。
“此次北上大军所经之处，都是万岁的土地，百姓也皆万岁的子民，真如从前那般，万岁心中又怎舍得？”
严锡命苦苦劝说。
张献忠听后也知严锡命说的对，他如今是大西皇帝，可不能再像从前一样胡乱抢掠了。