当墨菲斯领着尼奥来到主舱的时候，看到的就是衣服热火朝天的改造场面，让颇具废土风的尼布甲尼撒号焕发出它真正的科技质感。
随后，墨菲斯为尼奥上了别开生面的一课，以近乎残忍的方法让尼奥了解到“矩阵”的真相，以及背后那属于人类的可悲命运。
有了岳斯对尼奥打的预防针，尼奥虽然心理有些承受不来，但却依然很快调整好了心态，为成为一名合格的反抗军做好了准备。
大量关于知识与技能的数据通过他的脑后插孔直接输入其大脑，使其瞬间掌握了他人需要长时间学习的知识与技能，格斗、枪械的使用、驾驶等等之后能够派上用场的知识一份份地被注入尼奥的大脑当中。
而尼奥对知识的接受程度非常高的，连续十几个小时的输入依然能够坚持下来，常人坚持到一半的时间就已经够了不起了。
直至尼奥的身体因为缺水与低血糖而发出警告，他才停了下来。
“真的是难以置信！”
一边吃着牛排，尼奥一边略带亢奋地说到：“我从来没想过，现实世界中可以这样，居然是这样的一种生活状态。”
“不不不，你错了，如果你提前两个月醒来的话，就不会这样说了，那时候我们吃的还是一些早餐燕麦片式的营养膏，除了能够补充身体所需的蛋白质、维生素以及一些矿物质之外一无是处。”随后，这位叫做耗子的船员端起来酒杯：“感谢亚克，是他为我们带来这一切的，是他的食物让我们真正的像人类一样活着。”
除了驾驶着飞船的船员与不知道干嘛去的岳斯，其余船员纷纷举杯相应，每个人的脸上都带着笑意。