但帝皇还刻意叮嘱过一旦叛乱成功，那么“他们”所需要做的便是扩编军团，并把《帝国真理》、无神论和忠于人类、服务人类的理念，在不被发现的前提下传授给新兵。
而且叛乱成功之后的三百年内会再度出现重大变故，届时，帝皇表示“他们”会知道该怎么办的。
从帝皇那里获得“不明所以”的叮嘱和命令后，整支阿尔法军团也愈加变得“不明所以”了，不过，无论怎么样，阿尔法军团上下都对帝皇保持着绝对忠诚。
于是自从此次庆功聚会之后，阿尔法更加严密监视每支军团，得知了洛嘉·奥瑞利安自甘堕落，也得知荷鲁斯遭受腐化。
时间推进至大叛乱，为了尽可能歼灭忠诚派，荷鲁斯谋划了尹斯特凡七的大屠杀，而为了完成帝皇叮嘱，阿尔法瑞斯和欧米加选择加入反叛队伍。
接下来的一切，阿尔法也都在“尽心尽责”的“助纣为虐”，所以在叛乱途中，经常能看到明明不擅长冲锋陷阵的阿尔法瑞斯和欧米加，会主动选择与忠诚派的原体进行对决，然后落得个重伤下场的结局。
但也正是这对孪生兄弟的冲动表现，加之接受混沌力量的祝福，赢得了荷鲁斯和一众叛变原体的信任。
并且阿尔法瑞斯和欧米加，自始至终都知晓康拉德·科兹曾暗中面见帝皇，然后午夜领主虽说也加入叛徒行列，但却拒绝信仰，甚至极端痛恨、厌恶混沌。
对此，“他们”俩有理由相信，科兹是不是从父亲那里获得相似的叮嘱？
所以阿尔法军团按照“他们”的示意，还会尽可能的帮午夜领主打各种掩护。
再之后，旋涡空间门开启，新人类帝国和主宇宙人类展开交锋，“他们”又从荷鲁斯那里接到命令，去骚扰、袭击主宇宙远征军的后勤补给行星和星系之际，阿尔法瑞斯和欧米加总算知道帝皇要让“他们”两个做什么了…
那就是帮主宇宙远征军确保后方无忧，顺便帮主宇宙人类彻底清除残存余孽。
至于集体自裁的缘由，是因为这三千名阿尔法的身躯，已经遭受混了沌力量玷污，即便“他们”是心向帝皇，心向人类的巨人，但混沌面前没有侥幸，唯有死亡才能终结。
况且“他们”阿尔法，与叛乱时期躲在后方，提供物资补给，处处放水的午夜领主不同，“他们”曾在那端期间为了赢得叛徒信任，为了方便在新人类帝国的统治之下暗中行事，做过太多太多兄弟相残和献祭无辜的事情。
难道不是本心本意去做，便可以不受惩罚吗？
但事实结果就摆在那里，不是本意那又如何？
因此自裁死亡不只是终结，也是对牺牲的兄弟和无辜的人民谢罪，死亡更可以让“他们”获得救赎。
“...”
听完这对孪生原体的叙述，虽说圣吉列斯从没放松过警惕，却早已收起毕功之矛，表情与神态都毫无保留的展示出敬重、敬佩。
只是，灵能仅次于父亲和马格努斯的他，同样感知到了阿尔法瑞斯和欧米加一心求死，目光不由得透露着惋惜。
“哈哈哈！”
这个时候，两位孪生原体齐声畅笑，终于把压抑了许久的情绪进行释放，而后又齐口说道：
“兄弟，正如我们之前交易好的那样，你击败了我们，那么我们和我们的军团会束手就擒，但也请你尊重我们的选择，让我们能够得到真正的解脱…
当然了…
兴许…