朱翊钧反思自己，两年来嘴上说着惕励亲民，但早就和人民群众之间断了血肉联系，自己身上的本就不多的“党性”早已千疮百孔。
又反思自己，两年来对待政事，如同在打游戏通关一样，随意的摆布着这个世界，却忽略了自己每一道命令，都涉及着千万人生死存亡。——如果时间回拨到两年前，很多事情处理的会好很多。
把这种心境与刚穿越来那天经筵时被权力迷醉时相比，朱翊钧觉得自己进阶了。他对皇帝的身份认同感越来越强，而对自己身上担负着的使命与责任，认识也越来越深刻。
以这种心态来看漕运，朱翊钧终于体会到了，这条大运河的每一次变革，都关乎运河两岸数以百万计的生民身家性命。
若不能妥善处理化解矛盾，如同改革盐政那般随意兴革，不知多少人将家破人亡。因此，他很慎重的先祭出法宝：调查研究。
随着一件件调研报告的反馈，到了万历三年六月份，朱翊钧终于构建出京杭运河的整体印象。
总漕和中央、地方之间的关系，运河上下的阶层分布、赖以为生的人群结构，运河和各大水系之间的有机联系，朝廷现在的漕运体制有何种弊端，都事无巨细的勾勒出来，并最终让他——一个与众不同的皇帝，找出了解决问题的答案。
心里有了底，下一步就是统一思想。朱翊钧正盘算时，屡败屡战的王宗沐于八月中再次建议朝廷，欲行海漕。
这下子可捅了马蜂窝，伴随着暴风骤雨般的弹章，王宗沐这个总漕位子开始摇摇欲坠。朱翊钧连续在各种场合放风，下毛毛雨，保着王宗沐。同时下旨户部，令其提出对再行海漕的意见。
八月三十，户部奏章送六科备案后报内阁，侍从室又将之列为朱翊钧详看之章。朱翊钧见其内容为：
“先，该大臣叙海运之功，臣等谓万世之利在河，一时急用海。今该漕臣议增海运二十四万石，臣等以为海道fēng • bō难定，但当熟悉此路，以备缓急，不必加征。昔者给事中张涣等议与臣等同，并言隆庆六年漂没粮石，该大臣发银买补。臣等不意宗沐之明达，竟弄巧成拙至此。”