组织框架的设计，朱翊钧在参照后世国家管理架构的同时，本着“权责清晰、分工明确、统筹有力，组织精简”的十六字方针，反复征求意见，多轮折冲樽俎，才最终定案。
因为现在的大明仍为农业社会，尽管在朱翊钧的催生和呵护下，资本主义的萌芽已经成长为一颗小树苗，但是仍不能供养庞大的现代官僚体系。
因此除了将兵部和五军都督府合成枢密院，内阁和侍从室增加了司局组织，度支部从户部分出，又成立了教育部、农工商部等几个新部之外，朝廷的整体架构只能算一个半成品——还是一小半都没有的半成品。
尽管如此，朝廷二品三品的职位也成倍增加，对于天下的官员来说，变法大诏关于组织架构能够顺利颁行，其中重要原因是官位变得多了——仅内阁就设立五个司局，级别均为侍郎级。而作为国家军事中枢的枢密院下设办公厅、军政部、军训部、后勤部、廉政监察署、审计署、军法部、军事情报局等等，军事系统的二、三品的位置成十倍的增加——用来安置原五军都督府的大量勋贵。
对于朝廷支出来说，俸禄支出并未增加多少，但随着各组织架构的搭建和职责的理顺，粗具现代管理精髓的半吊子朝堂的工作效率已经成倍提升——其中内阁权能的强化起了决定性的作用。
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