事实证明，六科的改革成为整个机构变革的点睛之笔——在新的各部职能交叉、权力清单的确责上起了决定性的作用。
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张居正回京之后，接手的就是这样一个搭起了架子，逐渐开始磨合的新的朝廷。在政事堂主持召开了几次各部尚书参加的内阁扩大会议之后，本就志以天下为己任而才又能副其志的张居正，有一种如臂使指的感觉——发号施令不再有掣肘，不必再像以前那样做大量的沟通协调工作!
因为变法后的朝廷规定了“行政首长负责制”，即俗语说的“官大一级压死人”，下级只需要执行上级的命令，如果上级的命令仅有大纲，下级还有些发挥的余地；若上级命令详尽——你听命执行就好。
如果其他的宰相和首辅的能力算是航母上的重油发动机，张居正就好比核反应堆。原来他需要很多的润滑油和冷却液才能工作，现在则不用了。他终于在新的政治体制中找到了最合适的位置，他只需要听汇报、看材料、开会、调研、分析、思考——发号施令，全体凛遵！
现在的张居正，也没有了天黑必须出宫，回家加班的限制——他可以住在政事堂。和他一样，政事堂的每一个人都可以突破宫禁的限制，在政事堂无限加班。
由此，京师就有了三个场所在夜间灯火通明，前两个分别是教坊司胡同和日报社，新增的这一个就是政事堂。
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张居正在万历六年落实的第一件要务，就是要按照皇帝在万历五年初的计划，召开宗亲大会。
为了这次会议，宗人府和皇帝已经造势了大半年，成效斐然。而且下半年的张文明遇刺案，很多刺头宗室又被锦衣卫重点照顾了一番，导致宗室改革的阻力大减。