没想到皇帝给予吕调阳的册封诏书中，对其作出极高的评价：“该员质行多长厚，断断乎有古大臣之风。”，认为他是当代的丙吉，“在汉丙吉，今也则吕调阳也。”
吕调阳一方面是因为身体确实支撑不住，另一方面对于疾风骤雨般的变法改革，也有些畏难之意，才上疏坚决求去。
结果接到皇帝的册封诏书后，吕调阳这个十分重视自身道德修养的人竟愧而难当，上疏做了自我批评，坚决固辞一等伯之赏。朱翊钧召他入宫，反复抚慰后，他才放下心理负担，谢恩返乡。
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因为变法摊子铺的很大，吕调阳致仕后，潘晟、马志强先后以礼部尚书、吏部侍郎衔直入内阁。申时行、余有丁分别接任二人职务。
虽然王国光离首辅只有一个身位，但他老色胚本性难改，刚解除了戴罪图功的处分，立即大肆操办，半个月内一口气连续娶了两个小姑娘做如夫人，被御史和给事中弹劾的满头大包。其人品再次受到了强烈的质疑，节操也摔个稀碎。
如此一来，张四维已成为最有希望接替张居正的阁臣。而且他执行朱翊钧旨意尽心尽力，从不打折扣，因此朝野判断张四维简在帝心，张居正两届总理大臣后，张四维最有希望接任。
万历六年年底，全国的黄册、户贴编制的第一步“摸底调查”完成，初步统计出全国人口一亿四千万以上，接近万历五年黄册数据的一倍——若没有大诏发布之后的急就章补报，可能会达到一倍半这个令人瞠目结舌的差距。
在帝国北方，严重的隐户问题充分暴露。主要原因为存在大量的宗室和各地卫所的腐败，大量破产之民或托庇于各大王府，或在卫所成为半农奴——导致长期以来大量人口没有被纳入统计范围。
在帝国南方，男女人口比例失调则更加严重。明代中叶以后，贫富差距急速拉大，大量自耕农陷入贫困之后，因为“重男轻女”传统观念影响，为了保住香火传承，在男女不能同时抚育的情况下，往往优先保存男孩，将女孩溺杀或者养几年之后发卖。
到了嘉靖末期和隆庆时期，在南方部分地区，已经发展到“生男为荣、生女为耻”的地步，即便是富有家庭，也把女儿视为赔钱货、外家人。
在浙江，绍兴府、宁波府、台州府、永康县、温州府和严州府等多地，因为“嫁娶尚奢侈”给百姓带来了极大的负担，导致溺杀女婴成为一种司空见惯的风俗。
除了浙江，此际的南直隶、福建、湖广、扬州府、江西吉安一带，也存在大量溺杀女婴现象，比之浙江不遑多让。
溺杀女婴的陋习的普遍流行，导致帝国南方人口出生率的降低——这与整个帝国南方负担帝国赋税的比例是正相关的，也是经济基础折射到社会关系上的一种反映。
此前，面对如是陋习，朱翊钧也多次下旨，要求地方官移风易俗，用各种手段遏制嫁娶奢侈、溺杀女婴的歪风。但是，溺婴从本质上来说是经济问题，更是贫富差距和经济结构失调导致的社会问题，光禁止嫁娶奢侈并不能从根源上予以解决。而且，对于打击溺杀女婴的官府来说，此际新生儿的高死亡率让他们近乎无法取证，只能每年抓些典型——于大势根本无补。
现在，被统计上来的黄册触目惊心的揭露出来一个事实，整个帝国南方的男女比例达到了惊人的:1，乘以八千万人口，男性比女性多出一千六百万，意味着近千万适龄男子处在无法娶妻的状态，这将对整个社会经济造成巨大阻碍。