万历二年，礼科给事中梁式题《禁左道三条》，其中言：“今各处大小寺院庵观，不可计数矣......淫祠煽惑于民风。”又言“异端粉饰声容以诳惑愚俗，未有如今日之盛也。”——若不是朱翊钧拦着，李太后恨不能宰了他。
李太后对给事中可以喊打喊杀，但对张居正就不敢这样了。作为套着儒家皮儿的法家门徒，张居正是绝对意义上的无神论者。
在张居正的支持下，礼部连发“禁左道”之令，重申日渐崩坏的太祖《申明佛教榜册》，狠刹佛门无序发展的歪风。而万历初年的慈圣太后，对佛教本义也不是很清楚——拿内帑修碧霞元君的娘娘庙就是明证。面对当时佛门“逾越礼制”、“奢侈稥蘸”的歪风也甚是反感。因此，对张居正有理有据的压制不再反对。
朱翊钧逐步掌握大政之后，李太后有了大量的时间礼佛，且深入的学习佛法，她比原时空更早的成为一个虔诚的佛教徒。
而中国的宗教，从未取得过中世纪教皇国那般崇高的地位。佛教徒无不深知，“不依国主则法事难立”，“沙门所作一切佛事，无非为国祝厘，阴翊皇度。”对自己的发展必须依靠皇权是心知肚明的。
作为皇帝的亲生母亲，慈圣太后受到佛门的高度重视。当时名显天下的高僧，无不以到宫中讲法为最神圣的使命。
万历元年，慈圣以“保国选僧诵经”为由，由僧录司宣召高僧入宫讲法，憨山即在其内。
憨山幼时颇有慧根，入法门修习佛法前，其师祖见他聪慧，反倒让他先深研儒家、道家诸般法门，世事洞明的学问也让他学，人情练达方面更有言传身教。
如此一来，憨山剃度后如同开挂，一路勇猛精进，很快闯下偌大的名头。因他深谙世情，为李太后讲法时既能通俗易懂，又能鞭辟入里，将居士修行法门和境界讲的清清楚楚，李太后大悦。
万历五年春天，憨山在修行中发愿，以皇帝当年刺血抄经，为太后祈福为榜样，刺血泥金写经，来报父母深恩。慈圣知道后大受感动，觉得憨山身体力行，打破了“佛教徒抛弃父母家庭，才能断绝尘缘”的谣言，命朱翊钧以皇帝的名义“赐金纸以助”。