然而事与愿违——在这两个人乘坐葡萄牙商船离开之后，英国女王在费利佩二世身边的间谍就写信通知女王，费利佩二世已经得知女王派遣了特使到东方联系赛里斯，并下令沿途殖民地进行堵截。
只好听天由命，且信中只是要求通商，并没有写多余的话。伊丽莎白女王只能如此安慰自己。当然，如果真正的特使约翰.纽伯莱落到西班牙人的手中，再交代出自己鼓动大明拿下菲律宾的企图，那还真不好跟费利佩二世交代——此际的西班牙已经吞并了葡萄牙，哈布斯堡王朝太强大了。
当时的欧洲，因为长达数百年的王室、贵族联姻，且特别重视地位和血统，导致大规模的近亲繁殖。国王们基本上都沾亲带故，西班牙费利佩二世的老娘是伊莎贝尔，葡萄牙国王曼努埃尔一世和其第二任妻子玛丽亚的长女——因此费利佩二世是曼努埃尔的外孙，具有接任葡萄牙国王的资格。
万历七年，葡萄牙的“武宗”塞巴斯蒂昂国王亲自带兵攻略摩洛哥，结果被反杀，淹死在马哈赞河——史称马哈赞河之战。塞巴斯蒂昂死后，葡萄牙国王曼努埃尔的直系后代中只剩下64岁且没有子嗣的红衣主教恩里克一世，葡萄牙贵族就把他给推上王位。
西班牙的费利佩二世一看，这机会千载难逢啊。于是在万历九年起兵，以其没有子嗣为由，驱逐了恩里克一世，占领了里斯本，并自封为葡萄牙国王费利佩一世。
这一手搞得欧洲各大王室像吃了苍蝇一般，但个个敢怒不敢言。葡萄牙被费利佩窃国，使得葡萄牙及其殖民帝国也由西班牙哈布斯堡王朝统治，形成了西班牙-葡萄牙共主邦联。哈布斯堡王朝因此成为了世界上最大、领土最广阔的国家，实力冠绝寰宇，英格兰的伊丽莎白、法国的亨利三世、神圣罗马帝国皇帝等大佬心里面好气，但无可奈何。
费利佩二世窃取葡萄牙后，立即盯上了英格兰的伊丽莎白女王。费利佩二世的前妻就是伊丽莎白的同父异母姐姐玛丽一世，这夫妻两个是天主教狂信徒，最大理想就是把异教徒和异端全部杀光。