2312年，约翰·A·沃登号事件（）。
一个绰号“英雄（HERO）”，本身也的确是战斗英雄的亨利·瓦洛少校（MajorHenryVarro），领导K-12机动步兵队在B星球的凯西堡（FortCasey）上捕获了虫族女王，但“英雄”亨利却因违抗军令被捕，高级战略心灵官卡尔，强行征用了卡门舰长的沃登号飞船，带走了虫族女王。但没过多久，就传来了沃登号失踪的消息。
于是瑞科将军找到最近与沃登号有过接触的A-01机动步兵队，并由熟悉情况的“英雄”亨利带队，前往调查。你没听错，此时的瑞科已经晋升为了将军，还瞎了一只眼睛（此处明显COS蛇叔好吗）。找到沃登号以后，发现上面的船员几乎都已经死绝，只剩卡尔还活着，当A-01和K-12联合营救小队成员找到他的时候，被虫族女王精神入侵的高级战略心灵官卡尔一直说着让人听不懂的糊话。
原来，“宿命3人组”之一的高级战略心灵官卡尔一直在做控制虫族的研究，几乎就要成功。他已经能控制住部分虫族兵，但离成功还差一步时，被虫族女王“反向骇客”侵蚀了意识。所以此时的沃登号已经被虫族女王完全控制，就连载着众人奉命来搜查的快速攻击舰（FAS）阿莱西亚号也被重型主力舰（HeavyCapitalShip）沃登号一炮轰成了渣。无法撤退的联合搜救小队只能与沃登号里的虫族殊死搏斗，死伤惨重。而沃登号正在虫族女王的控制下按照设定好目标，径直向人类母星地球前进。
为了阻止虫族女王筑巢地球的计划，联邦高层决定用核弹轰炸沃登号。但在核爆沃登号之前，瑞科争取到营救船上同伴的宝贵时间。然后，瑞科驾驶掠夺者机甲，有神兵天降救出前女朋卡门和好友卡尔，也见证了K-12机动步兵队帅哥上校“英雄”亨利的壮烈牺牲。然而此时核弹已经发射，眼看就要来不及逃离，不料虫族女王再次操控飞船，一轮舰炮齐射击毁了来袭核弹。
好在“英雄”亨利生前已命人在飞船引擎上安放了C4炸弹，最后众人在飞船炸毁前逃出了火海，再一次有惊无险地解除了危机。虫族女王和她的虫群在飞船爆炸中全灭，只可惜还是有一只虫子逃进了下水道。
2369年，人类联邦舰队再次抵达虫族母星克兰达夫，重抵P星，收复威士忌前哨站。
2371年，联邦开发出了对付虫族最新的武器：新星炸弹。
此时，人类已经在火星殖民了数十年，并成功通过大气改造让火星拥有了大气层，也几乎没有遭遇过虫族的侵扰。火星上的人类自称火星人，对人虫大战无感，甚至想要脱离联邦dú • lì建国。然而真实状况是，火星早已被虫族陨石撞击，深藏撞击坑地底，不断繁殖一直“没被”联邦发现。