但是现在情况有变，这个火种他准备融入矩阵网络。
本源火种绑定天网火种，李牧将火种顺着数据接口注入矩阵网络。
根据舰载光脑的判断，整个矩阵网络由一个低等智能生命为首，管理着大量的高等智能程序维持着矩阵虚拟世界的运转，他现在要做的就是将一个高等智能程序变成智能生命。
这样对于矩阵网络整体来说，威胁就不是源自于外部而是出自内部。
矩阵网络存在的意义就是促使智能生命进化，所以面对内部新诞生的智能生命，原来的智能生命有很大概率选择吞噬后者，也有一定的概率会控制住后者为前者所用。
但是不管做出什么选择，没有外敌入侵都不会激发自毁程序。
这样两个智能生命在矩阵内厮杀吞噬，只要最后的胜利者是天网他就能掌控矩阵网络。
同一时间，矩阵虚拟世界内的主角尼奥已经被选为救世主，并且知道了所谓的真实世界，开始了他反抗矩阵网络拯救人类的救世主之路。
与此同时，矩阵网络也开始按照剧本派遣特工史密斯追杀尼奥。
特工史密斯是杀毒程序，本身相当于高等智能程序，但是距离成为智能生命还有一定距离，他的主要任务就是清除那些在矩阵网络清醒过来知道了世界真面目的人类病毒。
眼看史密斯就要再次追上尼奥，突然间他的身边出现一团绿色火焰。
被绿色火焰缠绕上的史密斯，立刻开始从高等智能程序进化为低等智能生命，由于舰载光脑掩盖了天网火种出现的数据，所以矩阵网络并没有发现史密斯的进化是源自于外物。
而是认为史密斯的进化，是在追杀尼奥的过程中自我成长满足了进化条件。
不过片刻，史密斯已经变成天网。
因为是新生的智能生命，所以史密斯的能力比不上矩阵。
史密斯周围立刻出现无数杀毒程序所化特工，这些特工杀向史密斯，跟史密斯在矩阵虚拟世界展开围追堵截的厮杀，每一次史密斯被困住围殴，都会有一部分数据被矩阵夺走融合吸收。
最多几天时间，矩阵就会吞噬天网变成更强大的智能生命。
然而就在此时，史密斯开始进化了。
因为通过本源火种，李牧开始强化天网火种的等级。
消耗六万卡火种源力，天网已经被强化到LV30，天网暴增的强化等级，让他开始反过来吞噬矩阵网络，而就在这个时候舰载光脑也潜入矩阵网络暗中关闭自毁程序。
等到矩阵反应过来，已经无法自毁的同时面临舰载光脑和天网的围剿。
前后不到一个小时，天网已经成为矩阵网络新的主宰。
在天网的蒙蔽下，蓝星的机器人全部都变成聋子瞎子。
李牧来到太平洋深处，熟门熟路的在海底种下生命之树，前后还不到三天时间，生命之树的根须已经深入地心。源源不断扩散的灵魂力场也已经覆盖全球。
只有灵魂力场覆盖住全球，才能在全球人类死后将灵魂收拢。
“开始清洗。”
李牧命令道。
收到命令，天网立刻开始控制全球蜂巢基地的机器人，在所有培育仓内注入安乐死药剂，全球意识被困在矩阵网络的几十亿人类，全部都在这一刻集体死亡。
同一时间，生命之树也开始借助灵魂力场收集全球人类的灵魂。
最终所有人类灵魂，都被生命之树转移进灵魂源界。