在焚书的第二年，又发生了坑儒事件。
坑儒不是焚书的直接继续，而是由于一些方士、儒生诽谤秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大权力和享受到荣华富贵之后，十分怕死。在统一天下之后，他异想天开地要寻求长生不死药。
方士侯生、卢生等人迎合其需要，答应为秦始皇找到这种药。按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。
侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且诽谤秦始皇天性刚愎自用，专任狱吏，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势等等。
方士还言，长生非秦始皇所能修成，长生也非是小小丹药所能达到。他们接近始皇，非要炼药寻丹，乃是要传《道经》于天下。
秦始皇知道后，恼羞成怒，认为方士们在耍弄自己。
于是先焚《道经》，后坑方士。
秦始皇以“妖言以乱黔首”的罪名，下令在都城进行追查，并亲自圈定四百六十余人，活埋于咸阳。
此即为“坑儒”，所坑非儒，而是方士。
“焚书坑儒”的实质其实是一场统一思想的运动。
秦始皇统一六国之后，在政治上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制；在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字；在经济领域内，统一货币，统一度量衡等等。
这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家暴力能够控制的要素。
但有些东西是国家强力机构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱；而一个国家能在多大程度上统一，最主要的条件是能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。
因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。
当时最大两种思想潮流就是儒家和法家。
儒墨并称显学，但墨家更侧重对农业方法的创新，种地务农。道家更注重研究身心，人性观的形成探索。名家更注重形而上哲学思考。
儒家是尊古的，而秦始皇统一中国偏偏是新事务，他采取的措施也都是些新措施，这些东西都是不符合儒家理念的。当时的六国贵族，也借着儒家的“克己复礼”，妄图恢复周朝的分封制，从而取得失去的权势。
所以，对于刚刚统一的秦朝来说，统一思想就是维护大一统的关键措施。因此，秦始皇在找了几个儒生茬之后，一场统一思想的文化运动就开始了，手段是激烈了点，但客观效果是明显的。
虽然统一的秦朝只持续了十几年，但秦朝以后的所有统治者，无一不把统一思想看成维护统治的关键手段。
到汉武帝罢黜百家，独尊儒术，中国大一统思想正式形成。此后所有的统治者，基本上都把儒家思想作为国家的核心思想。
秦朝“坑儒”，和汉朝的“尊儒”，其实质是一样的，都是要统一思想。