然而从头到尾，教义在其中都不是主要原因。教会传教这么多年，承认的各种习俗、认可的各类本地宗教多了去了，没必要纠结这种事。但因为两个修会的党争，导致事情走向了无法通融的地步。
1704年，教宗下令禁止祭祖、祭孔、悼亡等礼仪活动，并派出特使宣布命令。次年，特使来到京师，康熙亲自出马，向特使说明情况，解释说敬天、祭祖等仪式，只是为了表达敬意，和宗教无关。
双方多次辩经，还招来肇事的教士，现场解释作证。但尽管清朝说明礼仪关系重大，愿意承认对方的神和自己的天是一个概念，教会依然不愿妥协，谈判无果而终。
1707年，教宗特使来到南京，单方面宣布了禁令。康熙随即逮捕了特使，命令葡萄牙人把他关在澳门，同时声明，传教士必须遵守“利玛窦规矩”，否则就要被驱逐。
但此时，康熙依然还希望能说服对方，并且数次派遣传教士，去罗马给教宗说明情况，辩解经义争端。但教廷依然坚持己见，还扣留了担任清朝代表的法国传教士，迫使康熙又写信求情，才答应放人。
1720年，教宗第二次派特使抵达清廷，康熙再次亲自出面，解释了孔子牌位的由来等问题。然而这次辩解依然无果而终。1721年，教廷禁令的正式公文送到康熙手中，清政府这才放弃，宣布禁止传教。
不过，直到雍正时代，禁令都不太严格，耶稣会也做了最后一次妥协的努力，重新制定了一套变通方法取代“利玛窦规矩”。但这次尝试也很快被教会否决。1742年（乾隆7年），教宗正式下达命令，禁止传教士再就礼仪之类的问题展开讨论，终结了相关议题。禁令在整个东亚文化圈生效，也基本上终结了传教的历史。
而这个禁令的结束，要更加戏剧化。
1932年5月，日本出了件事：在耶稣会创办的上智大学，一名陆军军官带领一些学生去参拜靖国神厕，其中有信奉天主教的学生，以这是偶像崇拜为由，拒绝行礼。日本军部对此极为不满，事件逐渐发酵。10月，得到授意的日本媒体开始大幅报道此事，称“上智大生参拝拒否事件”。