但在本时空，索南嘉措做出了不一样的选择。在万历元年时，朱翊钧就已经关注到了藏传佛教问题。在时任宣大总督的王崇古请示朝廷给弘化阐教寺番僧经书度牒的奏章上，朱翊钧做了重要批示，指出因两宫崇佛，特批內帑五万，命令王崇古在边地大修梵宇，并译经书。
当时朱翊钧还指示道：“天朝一统之化，喇嘛番僧等开导虏众，易暴为良，功不在斩获之下。切切要紧，不可轻忽。”
这是他召对张居正，取得参政权之后做出的仅次于严打的重要批示，王崇古等边地总督当然高度重视——为家族子孙计，也不能给少年皇帝上眼药。而且说实话，在朱翊钧刚刚接手烂摊子的时候，五万两银子算是大手笔。
批示和银子下达后，当时的九边之地掀起了一阵修建庙宇，翻译经书的小高潮。索南嘉措敏锐的发现了形势的变化，开始处处留心朝廷的政策并对自己弟子提出了谨言的要求。他那时就有一个野望，期盼格鲁教派的大护法者在紫禁城内。
因此，在万历五年时面对俺答汗的暗示，索南嘉措回答道：“大乘法王为萨迦五祖，于六盘山见薛禅汗，成就双方无上功业。今日你我见于仰华寺，一为王上，一为僧人，未必就不能成就佛授转轮王。”
他这句回答，信息量很大，俺答汗却全部听懂了。
索南嘉措意思是说，八思巴是萨迦教派的第五代教主，和我格鲁教派源流不同，我不能硬说我是他的转世——对不上。
其次，萨迦教派在出了八思巴之前，有什么影响力呢？而八思巴数代之后，萨迦教派又重新变得势微——这说明他们的教义不行啊。
索南嘉措还表示，如果你想让我说咱两个一个是忽必烈转世，一个是八思巴。那我这边对不上，你就失去合理性了啊。但是，你可以向薛禅汗学习，让草原各部深度昄依格鲁教派，那我作为昄依者的活佛，到时候可以说你是佛授转轮王—转轮的意思懂不懂？别说忽必烈，成吉思汗都可以的！